L'outsider Benjamin e il carismatico Max condividono un interesse comune: l'hackeraggio. Insieme agli amici di Max, fanno parte del sovversivo gruppo di hacker chiamato Clay. Per la prima volta in vita sua, Benjamin è felice di sentirsi parte di qualcosa ma, quando il Clay finisce nel mirino dei servizi segreti tedeschi e dell'Interpol, sarà costretto ad affrontare le conseguenze delle sue azioni.
Ora Neo controlla perfettamente i suoi straordinari poteri e Zion è assediata dall'Esercito delle Macchine. Solo poche ore separano l'ultima enclave umana sulla Terra da 250.000 Sentinelle programmate per distruggere il genere umano. Ma i cittadini di Zion, incoraggiati dalla convinzione di Morpheus che L'Eletto adempierà la Profezia dell'Oracolo e metterà fine alla guerra con le Macchine, puntano tutte le loro speranze su Neo, che si ritrova bloccato da visioni sconvolgenti. Resi più forti dall'amore e dalla fiducia che li lega, Neo e Trinity scelgono di tornare in Matrix con Morpheus e di lottare contro le forze della repressione e dello sfruttamento. Ma esistono ancora figure potenti dentro Matrix che si oppongono all'artificio della scelta, e si sottraggono alla responsabilità che comporta, poiché si cibano delle verità emotive degli altri.
Ethan Hunt, in procinto di sposarsi con Julia, ha deciso di ritirarsi dalla squadra operativa della IMF per dedicarsi esclusivamente all'addestramento di nuovi agenti. Acconsente tuttavia a compiere una missione a Berlino per recuperare l'agente Lindsay, che era stata una sua valida allieva. È l'inizio di una serie di fatti che lo vedranno costretto a rischiare tutto ciò che ha di più caro nella lotta contro Owen Davian, un trafficante di armi estremamente pericolose, in combutta con apparati deviati dello stesso IMF.
Neo è in coma nell'infermeria della Hammer, ma la sua mente si trova intrappolata in una sorta di limbo situato tra il mondo reale e matrix. Il creatore del limbo virtuale è un nuovo personaggio, enigmatico e misterioso quanto la figura del fabbricante di chiavi, ma con un dentista decisamente peggiore. Toccherà ai compagni di Neo l'arduo compito di liberarlo, tornando nel castello del Merovingio, che muove i fili del gioco. Riuscirà Zion a resistere all'inesorabile avanzata delle macchine? Potrà l'eletto sconfiggere il suo nemico giurato, l'agente Smith?
Il tenente Fergie Howard, il guardiamarina Beau Gilliam e lo scienziato della marina Jason Elderidge usano il computer della loro nave, progettato per calcolare le traiettorie dei missili, per calcolare la traiettoria di una pallina da roulette e colpire il Casinò di Venezia. Le cose si complicano quando l'ammiraglio Fitch arriva allo stesso Casinò.
L'agente speciale Ethan Hunt è alle prese con una crisi internazionale di proporzioni gigantesche. Al fianco il genio dell'informatica Luther Stickell Ving Rhames e una bellissima ladra Thandie Newton nel cuore, Hunt attraversa l'Australia e la Spagna in una missione che sembra proprio essere impossibile: fermare un gruppo di terroristi tedeschi prima che riescano a mettere in atto il loro piano distruttivo: ossia il rilascio del virus "Chimera".
Paul ed Audry Safranek sognano una vita migliore. L'opportunità viene data loro quando gli scienziati scoprono una soluzione radicale che permette di rimpicciolire gli essere umani a pochi centimetri di altezza. Grazie anche alla scoperta che i risparmi di una vita valgono di più in un mondo più piccolo e alla promessa di vivere una vita lussuosa, i coniugi Safranek decidono di correre il rischio e sottoporsi all'esperimento che cambierà per sempre le loro vite.
Il cadetto Stanley Coppersmith, continuamente vessato da compagni e superiori, desidera la vendetta. Un giorno, mandato per punizione a pulire la cripta della piccola chiesa dell'accademia militare di West Andover, scopre una stanza segreta nella quale sono riposti antichi volumi in latino. Decide di prenderli e tradurli con l'aiuto del suo computer. Scoprirà presto di aver rinvenuto libri di magia nera ed il giovane cadetto cercherà di usarli a proprio vantaggio.
Karl Hochman, impiegato in un negozio di computer, ha un grave incidente automobilistico e viene portato in ospedale sotto l'occhio vigile di un "brain scanner" (controllore cerebrale). Per un improvviso blackout elettrico, Hochman muore, ma il suo spirito continua a circolare all'interno della rete elettronica Datanet Corp.
Alex e Helena sono pi che fratello e sorella, condividono un grande segreto: sono entrambi dotati di abilita' telepatiche che nascondono al resto del mondo. Per Helena non e' facile convivere con i suoi poteri che le provocano spesso forti mal di testa. Per alleviare le sofferenze decide di sperimentare una nuova droga, che si rivela estremamente efficace. Ma sfortunatamente la sostanza ha anche l'effetto di alterare profondamente la sua personalita', incrementando i suoi poteri e tramutandola in un essere malvagio. C'e' solo uno Scanner in grado di fermarla, suo fratello Alex.