보수 단체의 선거 캠프, 금융권, 제약회사, 신문사, 가구회사 그리고 포느로 사이트까지 해커 집단 클레이에 당했다. 범죄 조직이 연루된 사건인가? 철부지 10대들의 장난인가? 그저 재미를 위해 모인 루저 해커 4인방, 그들이 진짜 원하는 단 한가지가 생겼다. 바로 해커들의 슈퍼히어로 MRX의 인정을 받는 것! 해커 조직 클레이는 엄청난 사건을 계획한다.

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

IMF 최고의 베테랑 특수 요원으로서 항상 긴장감 속에 경계를 늦추지 않던 이단 헌트. 이제 현장에서 한 발 물러나 특수 요원 트레이닝에 전념하며 삶의 여유를 찾고, 사랑하는 여인 줄리아와 행복한 결혼을 꿈꾼다. 하지만 그녀와의 약혼식 날, 급작스런 본부의 호출을 받은 이단 헌트에게 악명 높은 국제 암거래상 오웬 데비언에게 인질로 잡혀있는 IMF 요원을 구출하라는 명령이 떨어진다. 약혼녀에게 차마 사실을 알리지 못한 채 작전에 임하는 이단 헌트는 요원을 구출하는 데에 극적으로 성공하지만 그녀는 결국 목숨을 잃고 마는데...

진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

러시아 생물공학자 네코비치 박사는 비행기 내에서 이단 헌트로 변장한 앰브로즈에게 벨레로폰을 탈취당한 후 살해된다. IMF 요원 이단 헌트는 네코비치 박사가 테러리스트 앰브로즈에게 탈취당한 것이 무엇인지 알아내기 위해 파견된다. 키메라라는 것이 인플루엔자를 없애기 위한 완벽한 치료제인 벨레로폰을 유전적으로 조합하다 부수적으로 만들어진 악성 바이러스라는 사실을 알아낸 헌트는 임무를 위해 앰브로즈의 전 애인 니아 홀을 포섭한다. 헌트는 니아와 사랑에 빠지지만 키메라 바이러스를 파괴하기 위해 니아를 앰브로즈에게 보내는데...

평생을 같은 집에 살면서 10년째 같은 식당에서 저녁을 때우며 평범한 삶을 살아가는 폴. 아내의 유일한 소원인 더 넓은 집을 갖는 것도 대출 조건이 되지 않아 포기할 수 밖에 없다. 한편, 인구과잉에 대한 해결책으로 인간축소프로젝트인 다운사이징 기술이 개발된다. 이 기술은 단순히 부피를 0.0364%로 축소시키고 무게도 2744분의 1로 줄이는 것이 아니라 1억원의 재산이 120억원의 가치가 되어 왕처럼 살 수 있는 기회의 시작이기도 하다. 화려한 삶을 그리며 폴과 아내는 다운사이징을 선택하지만, 시술을 마친 폴은 아내가 가족의 곁을 떠나기 싫어 다운사이징 된 자신을 두고 도망갔다는 청천벽력 같은 소식을 듣게 된다. 커다란 저택, 경제적인 여유, 꿈꾸던 럭셔리 라이프를 살아가지만 이혼 후 모든 것이 무의미해져 버린 폴. 그리고 모든 꿈이 실현되리라 믿은 다운사이징 세상에서도 또 다른 위기가 그를 기다리는데...

흉악스런 연쇄 살인범 칼. 컴퓨터 엔지니어인 그는 훔친 주소록에 적혀있는 사람들을 살해하는 일명 '주소록 살인마'다. 어느 날 일하던 곳에서 테리 먼로의 수첩을 줍게 된 그는 테리의 가족과 그녀의 주소록에 있는 사람들을 다음 범행대상으로 정한다. 폭풍우가 치던 날 밤 테리와 그녀의 아들 조쉬를 살해하러 가던 그는 도중에 교통사고를 당하고, MRI 검사을 받던 중 번개가 내리쳐 순간적으로 엄청난 과전류가 흐르자 즉사하고 만다. 그러나 그 죽음은 도시를 온통 핏빛으로 만들기 위한 또 하나의 시작. 가까스로 환생한 칼의 영혼은 바이러스가 되어 네트워크를 통해 사방을 헤집고 다닌다. 컴퓨터 네트워크가 마비되고 통신이 교란되는가 하면 프로그램이 조작되는 등 그의 영혼은 해커로서의 악명을 드높인다. 뿐만아니라 전자렌지가 폭발하고 감전사나 누전으로 화재가 발생하는 등 곳곳에서 사람들이 죽어간다. 이들은 모두 테리의 주소록에 존재하던 인물들로 잔인한 살인해커 칼은 시시각각 테리의 목숨을 위협하고, 테리는 천재 해커인 브램 워커에게 도움을 청하는데...

자매인 헬리나(릴리안나 코코로우스카 분)와 알렉스(스티브 패리쉬 분)는 조실 부모하여 고아원에서 자란다. 그들이 스캐너라는 사실을 안 모네씨는 둘을 입양해서 친자식처럼 키워 성장시켰다. 똑같은 모네씨의 교육을 받고 자랐으면서, 헬리나는 욕심 많고 적극적인데 비해 오빠 알렉스는 매사에 신중하고 소극적인 편이었다. 어느해 크리스마스 파티 석상에서, 스캐너의 위력으로 실수로 가장 친한 친구 테일러를 죽인다. 수사 결과 과실로 인정되어 무죄가 판정 되나 양심의 가책을 느낀 알렉스는 자신의 힘을 조종할 수 있는 방법을 찾아 헤매던 끝에, 타일랜드에서 훌륭한 수도승을 만나 마음의 평화를 찾는다. 그동안 헬리나는, 아버지 모네씨가 새로 개발해서 시험 중인 신제품 델-3이라는, 스캐너가 겪는 두통제거제를 몰래 쓰면서, 스캐너들을 학대해온 사회에 전쟁을 선포하고, 자신의 야망에 방해가 되는 사람은, 심지어 모네씨 마져도 없애고, 아버지의 회사를 인수, 스캐너들을 거느리고, 위성중계되어 전 세계로 나가는 TV를 이용해서, 세계제패의 음모를 꾸민다. 이에 의분을 느낀 알렉스는 미국으로 돌아와 헬리나를 꺾고, 다시 평화를 유지하는데 성공한다.