Lorsqu’une épidémie de grippe canine envahit la ville japonaise de Megasaki et menace de contaminer les hommes, le maire ordonne la mise en quarantaine de tous les chiens. L’île poubelle devient : l’Île aux Chiens. Un jeune garçon de 12 ans, Atari, se rend sur place à la recherche de son chien perdu, Spots. C’est alors qu’il fait la découverte, à l’aide d’une meute de cinq chiens, d’une conspiration qui menace la ville.
Le film est librement inspiré de la pièce de théâtre éponyme de Jules Verne et Adolphe d'Ennery.
Guy Maddin passe sa jeunesse en compagnie de sa soeur adolescente, sur l'île mystérieuse dont il héritera un jour. Ils partagent cet endroit avec une horde d'orphelins vivant en communauté dans le phare, qui fait office d'orphelinat. Chacun de leur geste est rigoureusement surveillé par la mère dominatrice et tyrannique de Guy, depuis le sommet du phare, pendant que son père, un scientifique et inventeur, travaille de jour comme de nuit dans le plus grand secret, au sous-sol. Lorsque de nouveaux parents adoptifs découvrent d'étranges blessures sur la tête de leurs enfants, les jeunes détectives Wendy et Chance Hale - frères et soeurs plus connus sous le nom des "Enfants Lumière" - se rendent sur l'île de Guy pour y mener leur enquête. Guy est en émoi devant Wendy, un premier béguin qui affole ses hormones, alors que sa soeur a le pourpre aux joues, transie d'amour pour Chance, un amour qui ne doit en aucun cas être révélé à Mère...
Le Muséum d'Histoire Naturelle renferme dans ses murs un secret mystérieux et stupéfiant que Larry, nouveau gardien de sécurité, ne va pas tarder à découvrir avec affolement : la nuit, toutes les expositions prennent vie ! Sous ses yeux, les soldats romains et les cow-boys miniatures se lancent dans une guerre acharnée, Attila et ses Huns commencent à piller les expositions avoisinantes, la momie tente de sortir de son sarcophage, le squelette du redoutable – mais néanmoins attachant – tyrannosaure rôde dans les couloirs... Le chaos est total ! Larry pourra-t-il remettre de l'ordre dans ses collections et sauver le musée ?
Deux sœurs sont de retour chez leurs parents pour débarrasser leur ancienne chambre d'enfant avant que la maison familiale ne soit vendue. Dans l'espoir de revivre pour une nuit leurs années de gloire passées, elles organisent une soirée "de jeunes" avec leurs anciens camarades de lycée qui tourne rapidement en fiesta délirante et salutaire pour cette bande d'adolescents attardés.