القصة عن سمكتين (من نوع كلون أو المهرج) تعيشان في المحيط الهادئ وبعد وضع الأنثى للبيوض تهاجم من قبل سمكة البينارا فتموت ويرعى الأب "مرهف" البيضة الوحيدة المتبقية ويسميها "نيمو" بناء لرغبة الأم "مرجانة". يحاول "مرهف" حماية ابنه من الخطر بهوس زائد عن الحد فيتمرد نيمو ويذهب ناحية قارب لقوم بتبين شجاعتة لأبوه ويقع في يد غواص ياخذه إلى أستراليا في سيدنى فيبدأ مرهف رحلة عبر المحيط لإيجاده مع سمكة تعاني من فقدان ذاكرة مؤقت! اسمها "دوري" في حين يحاول الابن الخروج من حوض الأسماك الذي وضعه فيه دكتور أسنان وبمساعدة بعض الأصدقاء لنيمو في الخروج من الحوض وبالفعل ينجحو ويعود الابن لأبوه.
عندما يرهب سمكة قرش أبيض لا يشبع سكان بلدة جزيرة أميتي ، يسعى قائد الشرطة وعالم المحيطات وصياد سمك القرش الأشيب إلى تدمير الوحش المتعطش للدماء.
حصلت منظمة إجرامية على قنبلتين نوويتين وتطلب فدية 100 مليون جنيه على شكل ماس في سبعة أيام أو أنها ستستخدم الأسلحة. ترسل المخابرات السرية جيمس بوند إلى جزر الباهاما لإنقاذ العالم مرة أخرى.
قام الباحثون في مختبر Aquatica الموجود تحت سطح البحر بتعديل أدمغة أسماك القرش الأسيرة وراثيًا لتطوير علاج لمرض الزهايمر. لكن هناك أثر جانبي غير متوقع: فقد أصبحت أسماك القرش أكثر ذكاءً وأسرع وأكثر خطورة. بعد أن دمرت عاصفة كبيرة منشآتهم البحثية البعيدة ، يجب عليهم القتال من أجل حياتهم.
تدور أحداث الفيلم حول (نيومي) التي تذهب في رحلة بحرية وحدها لمقابلة حبيبها، إلا أن الرحلة تأخذ منعطفًا مظلمًا عندما تتعرض لعاصفة غير متوقعة، وتتوالى الأحداث.