ალტერნატიული რეალობა, რომელიც XX-ე საუკუნის დასაწყისს შეესაბამება. პატარა გოგონას სატის მფრინავი ქვა აქვს. მასზე ხელისუფლების აგენტები და მეკობრეები ნადირობენ, რადგანაც ეს ქვა ძალიან ძვირფასია. გოგონა დამდევნებლებისგან დამალვას სცდილობს და შეხვდება პაზას, თავის თანატოლს, რომელიც მეშახტეების ქალაქში მუშაობს. ერთად ბავშვები გაიგებენ, რომ ქვა – იდუმალი მფრინავი კუნძული ლაპუტას გასაღებია.
ტულიო და მიგელი ,ამ სრულმეტრაჟიანი მულტფილმის გმირები, ცდილობენ ფულის იოლი გზით მოპოვებას.მათ დიდ სიამოვნებას ანიჭებს ის, რომ ფული თავად მიდის მათთან. გმირებს ძალიან გაუმართლათ,რადგან იპოვეს საიდუმლო რუკა, რომელზეც ოქროს ქალაქი ელ დორადოა მითითებული.
ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.