Nesta nova aventura, Nanny McPhee bate à porta de uma jovem mãe, Mrs. Isabel Green, que tenta desesperadamente gerir a sua quinta familiar enquanto o seu marido está longe na guerra. Mas quando chega, Nanny McPhee descobre que os filhos de Mrs. Green travam uma guerra contra dois primos mimados vindos da cidade, que se mudaram para a quinta. Socorrendo-se de tudo, desde uma mota voadora e uma estátua que ganha vida, a um porquinho que trepa árvores e um elefante bebé que surge nos lugares mais estranhos, Nanny McPhee usa a sua magia para ensinar às suas crianças cinco novas lições.

A bruxinha Bibi tem praticado demais suas magias, mas dedicado pouco tempo aos estudos. Diante de notas catastróficas, ela é enviada para uma escola especial durante as férias de verão. Muita lição de casa e uma colega de quarto que parece um clone da Britney Spears deixam Bibi chateada, mas ela logo faz amizades com Elea, uma colega de classe paraplégica. A pequena bruxa descobre o poder de uma coruja azul, que pode curar sua nova amiga, e parte atrás deste mistério sem saber que a bruxa má Rabia planeja fugir da prisão para persegui-la.