Tytułowi "Podejrzani" to pięciu kryminalistów – Dean Keaton (Byrne), McManus (Baldwin), Todd Hockney (Pollak), Fenster (Del Toro) i Verbal Kint (Spacey). Są zamieszani w eksplozję statku, w wyniku której zginęło 27 osób i zniknęła kokaina o wartości 91 milionów dolarów. Świadkami tego wydarzenia są: ciężko poparzony węgierski imigrant, który twierdzi, że widział Keysera Soze, czyli samego diabła, i jeden z "podejrzanych" - kaleki kryminalista Verbal Kint. Verbal decyduje się, w zamian za nietykalność, opowiedzieć policji całą historię. Wraca pamięcią do momentu, kiedy wraz z pozostałymi "podejrzanymi" został aresztowany przez nowojorską policję, a później pracował z nimi, dokonując kilku napadów.

Węgry, lata 50. József Pelikán, pracujący jako strażnik zapory na Dunaju, spotyka przypadkowo Zoltána Dániela, dawnego przyjaciela, którego przed laty uratował od śmierci, a który obecnie jest wpływowym politykiem.

Karrer, samotny mężczyzna w średnim wieku, wygląda przez okno na kopalniane wagoniki, znikające jeden za drugim we mgle. Industrialny, ponury pejzaż rozpościerający się wokół kopalni jest prawie nierzeczywisty, wydaje się być wytworem wyobraźni. Jedynym przyjacielem Karrera jest Willarski, drobny oszust, prowadzący bar "Titanic". Jego jedyną pasją jest zaś beznadziejna miłość do zamężnej piosenkarki z baru. Chcąc pozbyć się jej męża i zostać z nią sam na sam - choćby na chwilę - Karrer namawia małżonka, aby ten podjął się dla Willarskiego transportu nielegalnych towarów.

Mieszkająca w słonecznym mieście Csudapest samotna kobieta Liza od 12 lat opiekuje się Martą, wdową po byłym japońskim ambasadorze. Pragnie odnaleźć miłość swojego życia, dlatego w dniu swoich 30. urodzin idzie do restauracji z burgerami z nadzieją, że pozna kogoś, z kim nawiąże romans. W tym samym czasie Marta ginie z rąk jedynego przyjaciela Lizy, Tomy’ego Taniego – ducha japońskiej gwiazdy muzyki pop z lat 50. Na wieść o przejęciu przez dziewczynę apartamentu, krewni zmarłej oskarżają Lizę o zabójstwo. Sprawą zaczyna interesować się sierżant Zoltan, który z czasem ulega urokowi Lizy i traci dla niej głowę. Kiedy na kolejnej pierwszej randce dochodzi do niefortunnego śmiertelnego wypadku, dziewczyna zaczyna wierzyć, że stała się Lisią Wróżką. Japońska legenda głosi bowiem, że każdy kto się w niej zakocha, niechybnie umrze.

Ballada o barwnym życiu Węgra, który w wieku niespełna 30 lat stał się bohaterem narodowym. Attila Ambrus imał się różnych zawodów, by wreszcie stać się najbardziej znanym w kraju przestępcą. Kiedy od 1993 roku zaczął napadać na banki, opinia publiczna szybko ochrzciła go mianem "włamywacza dżentelmena". Attila był zawsze uprzejmy i miły, nigdy nie przelał kropli krwi, często wchodził do banku z kwiatami, a po udanym napadzie wysyłał szampana ścigającym go policjantom. Z banków znikał szybko, zostawiając po sobie ledwie wyczuwalny zapach whiskey. Na Węgrzech, w czasach trudnych przemian i budowy kapitalizmu otwarcie rzucał wyzwanie prawu i zyskał przydomek "Robina Hooda bloku wschodniego".

Człowiek, który spędził 10 lat w więzieniu, ponieważ został uznany za winnego, ale tak naprawdę był niewinny. Seryjny zabójca na wolności. Prokurator, który domaga się kary śmierci dla niewinnego, a potem stara się, by prawda nie ujrzała światła dziennego. Śledczy, który zostanie zobowiązany, by prowadzić dochodzenie w swojej sprawie i kolejny śledczy opętany wymierzaniem sprawiedliwości. Historia wszystkich tych osób i ich rodzin splata się w trzech liniach czasowych w latach 50. i 60. w niewielkim węgierskim mieście Martfű.

Budapeszt, lata 30. XX wieku. Zsigmond Gordon, cyniczny dziennkiarz śledczy bada sprawę moderstwa młodej Żydówki. Dochodzenie prowadzi go wprost do półświatka budapesztańskich domów publicznych, przemysłu pornograficznego i brudnej polityki. Niektórzy spośród najwyższych urzędników w państwie zrobią wszystko, by Zsigmond nie odkrył ich tajemnic.