수만년동안 태평양에 잠들어있던 고질라가 핵폭탄 실험으로 인해 깨어나 선박들을 납치한다. 이어 고질라는 도쿄까지 상륙하지만, 핵실험의 영향으로 괴력을 갖게 된 고질라에게는 어떤 최첨단 무기도 통하지 않는다. 도시는 고질라가 내뿜는 방사능와 불길에 휩싸여 초토화되지만, 손쓸 방법이 없어 많은 희생자들이 발생한다. 이 고질라를 쓰러뜨릴 에너지인 오키시젠 디스트로이어를 개발한 과학자 세이자와 다이스케는 그 방법을 알리길 거부하고, 희생자는 점점 늘어만 가는데...

평범한 삶을 사는 보통 사람들의 삶이 무시무시한 핵폭발로 인해 영원히 변화되어 가는 모습을 보여준다. 외과의사인 러셀 오커스는 핵 공격 후 그의 가족들의 소식도 모른채 살아남은 사람들의 상처를 치료해 주고 농부인 짐달 버그와 그의 가족은 딸의 결혼식을 준비하다 핵공격을 당하게 된다.

생일 전날, 평소 자신감이 없는 아카네 앞에 갑자기 나타난 수수께끼의 대연금술사와 그의 제자인 작은 꼬마 인간. 자신들의 세계를 구해달라며 아카네를 억지로 데려온 곳은 행복의 색으로 가득한 원더랜드였다! 시공간을 다루는 거미, 동그랗고 복슬복슬한 양, 거대한 새와 물고기, 그리고 아카네 일행과 다를 게 없는 우리와 똑같이 생긴 사람들이 살고 있는 이 세계는 색을 잃어 위기에 처한 상태다. 아카네는 자유분방한 치이 고모와 함께 일생일대의 감동이 담긴 모험을 시작하는데….

때는 2000년대의 미래, 핵전쟁 이후의 황폐화된 지구에서 살아남은 인간들은 날로 심각해져 가는 방사능의 위협과 높아져 가는 기온과 싸우며 비참하고 참혹한 환경속에서 살아가고 있다. 맥스와 쉐이드는 난쟁이 하위의 고물상에서 미지의 사나이로부터 50불에 고철이 된 로보트를 산다. 예술가인 여자 친구 질을 방문하여 맥스는 그 로보트를 크리스마스 선물로 주는데 너무나 오랜만에 찾아온 그에게 고독에 지친 질은 투정을 부린다. 두 사람만의 시간이 오고 격렬하게 사랑을 나누는 두 사람을 지켜보는 눈동자가 있었으니 그는 질의 이웃에 살며 그녀를 짝사랑하는 링컨이라는 사내였다. 그는 기계장치를 연결하여 질의 집내부에서 일어나는 모든 일들을 샅샅이 알고 있다. 질은 정부의 불임정책을 자연의 섭리에 위배되는 것이라고 비판하고 방사능 때문에 겁은 나지만 아이를 갖고 싶다는 뜻을 언뜻 내비친다. 난쟁이 하위는 자신의 정보망을 이용하여 그 고철 로보트가 K-1 사의 신제품이고 이름은 마크-13이라는 인조인간 로보트인데 가공할 군사무기였지만 중대한 결점이 있어서 정부의 지원금이 중단되고 로보트는 고철덩어리로 사막에 버려진 것을 알게된다. 마크-13은 자동조립되어 인공적으로 사고하고 태양으로 자동 충전되는 로보트 이고, 트리흘리움 몰페이트라는 화학무기까지 갖고 있는데 신경 마비성 마약인 그약을 맞으면 인간은 수초안에 목숨을 잃게 된다. 하위의 연락을 받고 급혀 달려온 멕스는 그가 죽어있을 것을 발견하는데 컴퓨터에서는 계속해서 마크 1-13의 비밀과 그 위험성에 대한 메시지가 나오고 있었다. 질이 위험하다는 것을 알게 된 멕스는 곧장 질의 집으로 달려가는데 그때 질의 집에서는 마크-13의 자동 조립이 서서히 끝나가고 있었다. 아무 것도 모른 채 잠에 빠진 질, 점점 인조인간의 완벽한 형태를 갖추어 가는 마크-13, 그리고 그곳으로 줄달음질 쳐가는 맥스.