Osemročná Satsuki a jej malá sestra Mei sa spolu s otcom presťahovali na vidiek. Ich vážne chorá mama je hospitalizovaná v blízkej nemocnici. Starý, zanedbaný dom, v ktorom už dlho nikto nebýval sa stal ich novým domovom. Dievčatá sa okamžite pustia do upratovania a zveľaďovania. Jedného dňa počas hrania sa dvore pred domom zazrie malá Mei malinkú bytosť, ktorá nesie vrecúško so žaluďmi. Nasleduje ju do lesa, kde stretáva Totora, obrovskú chlpatú potvoru veľkú ako malý dom...

5-ročný Sosuke žije v prímorskom mestečku. Jedného rána, pri hre na skalnatej pláži pod domom nájde zlatú rybku menom Ponyo s hlavou zaseknutou vo fľaši od džemu. Sosuke rybku zachráni a odnesie si ju domov. Obaja, Ponyo aj Sosuke sú fascinovaní jeden druhým a sľúbia si, že ostanú navždy priateľmi. Avšak otec Ponyo, čarodejník z hlbín mora, ju núti, aby sa vrátila tam, kam patrí – do modrých hĺbok oceána. Začína sa tak úžasné podmorské dobrodružstvo pre malých i veľkých…

Kyborgský detektív Batou má za úlohu vyšetriť sériu vrážd spáchaných gynoidmi – kyborgmi podobnými bábikám, ktoré všetky prestali správne fungovať, vraždili a potom sa sami zničili. Mozog gynoidov sa inicializuje, aby ochránil softvér ich výrobcu, ale v jednom gynoide, ktorý sám Batou zneškodnil, zostáva jeden súbor: dookola opakujúci sa hlas „Pomôž mi“.