داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آن‌ها تسخیر ژاپن بود.
دختر عمو و پدر بزرگ بن‌تن به دردسری بزرگ افتاده‌اند و بن‌تن می‌خواهد به تنهایی، آن‌ها را از این وضعیت نجات دهد؛ اما در ادامه با "دکتر انیمو" روبه‌رو می‌شود و باید ابتدا این شخص را از پیش رو بردارد ...
دختری به نام “سوفی” یک روز صبح توسط غول بزرگی از پرورشگاه دزدیده می‌شود و به سرزمین جن و پری‌ها برده می‌شود و ...
یک شهاب‌سنگ حاوی مواد آلوده و روغنی از فضا به طور غیر منتظره ای با دختری به نام «سوزان» برخورد می کند و یکباره قد وی به طور اسرار‌آمیزی به ۱۵ متر می‌رسد و او با دوستانی عجیب و غریب آشنا می‌شود که با یکدیگر برای نجات زمین تلاش می‌کنند …