剧情承接TV动画版第24集，《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に）（英语：NEON GENESSI EVANGELION:：END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）是《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于1997年7月19日在日本上映。包括了重新制作的第25、第26话。在这部剧场版中第25话的名字是“AIR”（天空），而副标题是“LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第26话的名字是“YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL：I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个“EYE - CATCH”镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。 影片分成“Air”与“真心为你”两个部分。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
拥有能够使世界崩坏的“魔王因子”的魔王候补·春日新，与“TRINITY SEVEN”的一人·浅见莉莉斯一起进行遗迹调查。一股强力冲击波与阿新的力量产生反应，周围被覆盖在耀眼的光芒之中，而后一行人便到了从古代以来一直存在于天空之上，掌管着全世界智慧的场所·“天空图书馆”。 突然伴随着赤红的闪光，长得和阿新一模一样的某个男子出现在他们的面前——其名为真红魔王“三重混沌”。他就是能够消灭其他魔王的魔王，由于其拥有的能够一瞬间毁灭一座城市的强大力量，而被常年封印在“天空图书馆”。 与阿新的魔王因子产生反应而解开了封印的他，为了取回身为魔王的力量，打算将整个世界彻底毁灭。而这其中的关键就在于——他的女儿·莉莉斯。没想到，莉莉斯居然是最强魔王的女儿…… 在“三重混沌”过于危险的力量下莉莉斯被掳走。阿新等人，为了救回莉莉斯和打倒最强魔王而打算寻找关键的魔王兵器。 然而，如果使用了这个兵器，就会失去理智而完全魔王化……
全世界被产业革命的浪潮所席卷，从近世即将进入近代之时，突然，不死的怪物出现了。不击穿其被钢铁皮膜所覆盖的心脏就不能杀死的怪物，以及被其所啃咬的人类死后，会复生成为怪物再度袭击人类。被取名为“尸(卡巴内)”的怪物爆发性地增殖，不久就遍布了全世界。 极东岛国·日之本，立于前线与“尸”正面对抗的装备着厚实装甲的蒸汽机关车(通称·骏城)之一——甲铁城。依靠甲铁城生存下来的生驹与同伴在“尸”与人的攻防战地——面日本海的废坑站「海门」，与玄路、虎落、海门的民众组成了“联合军”，定下击退“尸”的策略。 期间，生驹发现海门的“尸”有着被统治并采取着集体行动的特征。将此信息报告给联合军的生驹却并未被理睬，反而被讥讽了自己的“尸人(卡巴内利)”身份。因怒火而失去了冷静的生驹决意单身进入敌方阵营。 另一方的无名，对一直以来支撑着自己的生驹萌芽了前所未有的感情。这时又传来了生驹打算单身一人闯入敌地的消息——。 与“尸”的新的战斗、以及无名与生驹的命运将会如何发展——！？
在加拿大安大略省一个以法语为主的澎堤池的小村庄，当地的灯塔广播电台不分昼夜放送着村中以及国内外发生的大事小情。格兰特·马奇（史蒂芬·麦克海蒂 Stephen McHattie 饰）和西德妮·布莱尔（丽莎·霍尔 Lisa Houle 饰）、劳瑞·安（乔治娅·雷利 Georgina Reilly 饰）分任电台的主持人和导播，小村内的生活平淡悠闲。 一场大雪过后，村中的气氛却发生了翻天覆地的变化。不断有人狂性大发，化作嗜血如命的残酷丧尸，死亡数字节节攀升。格兰特等人很快发现，丧尸的病毒传染源竟来自电台，而传播的载体竟然是英语。澎堤池彻底陷入混乱，并且被政府所隔离，没人知道自己的命运将会如何……
1959年，美国马塞诸塞州列辛顿威廉道斯小学，该校即将迎来校庆日，小女孩露辛达•安伯利（Lara Robinson 饰）提出的创意为校长所采纳。校庆日时，学生们将画下自己对未来的设想，并集中放入金属时间囊中埋入地下，准备50年后重新开启。校庆日之后，举止怪异的露辛达用鲜血在墙上写下奇怪文字，并向老师提出警告。2009年，威廉道斯小学再次迎来校庆日，被埋藏地下50年之久的时间囊重见天日。小男孩凯勒（Chandler Canterbury 饰）得到露辛达的信，上面没有任何图画，整页布满毫无规律可言的数字。凯勒的父亲约翰（尼古拉斯•凯奇 Nicolas Cage 饰）夜晚研究这些数字，竟发现这是一组具有预言性的密码。文中的数字清楚记录了世界上过去50年所发生的各种灾难。除此之外，这组数字还包括了接下来将发生的重大灾难……
两个姐姐，80年代初的高中高年级学生，一天早晨醒来，看到血红的天空，意识到人类已经被消灭。当地球最近通过哈雷彗星的尾部时，任何一个没有被钢铁包围的人，都会被还原成一堆红色的灰烬（人类化学组成的微量元素），他们会遇到一个叛逆的美洲土著人，并在当地的一家电台接收电波，试图寻求帮助。不幸的是，它们吸引了一群科学家的注意，他们知道彗星会产生什么样的影响。他们躲在一个钢铁实验室的地下，但愚蠢地把通风口开着。现在，当彗星的幸存者们被钢铁包围的一部分腐烂成肉欲旺盛的僵尸时，科学家们正试图用没有被彗星感染的人的血液制成疫苗。因此，这三人必须奋力前行，不仅要越过成群结队的食人族死者，而且要胜过一群不顾一切不想变成那样的科学家。
未来的世界，僵尸霸占了地球的大部分领土，而残存的人类则躲在一座围墙坚固的铁甲城里苟且偷生。城市的首领考夫曼（丹尼斯•霍珀 Dennis Hopper 饰）唯利是图，疯狂压榨着城市的底层人民。为了保证食物和物品的运输，城市里有着一群特殊的人群——雇佣兵军团。他们专门负责到城外僵尸地带的物资运输。雇佣兵队长莱利（西蒙•贝克尔 Simon Baker 饰）和助手切洛也是唯利是图的人，他们都渴望紧张赚足金钱实现自己的目的。这时，城外的僵尸开始进化，他们懂得了如何组织和进行交流，这块人类最后的安身之所已经岌岌可危，而切洛为了敲诈考夫曼，私自控制了装甲车部队……
太阳活动异常，地球内部的能量平衡系统面临崩溃，玛雅人的预言即将实现，人类将遭遇灭顶之灾。各国政府已经联手开始秘密制造方舟，希望能躲过这一浩劫。以写科幻小说谋生的杰克逊（约翰·库萨克 John Cusack 饰）在带孩子们到黄石公园渡周末时发生一连串怪事，而且遇到了神经兮兮的查理（伍迪·哈里森 Woody Harrelson 饰），查理告诉他世界末日即将来临。伴随着火山爆发，强烈地震以及海啸，杰克逊带领自己的家人驾驶一架临时租来的飞机冲出被死神阴霾瞬间笼罩的城市上空，开始寻找查理口中各国政府正在联合秘密制造的方舟。在生死攸关的时刻，一些伟大的鬼魂将脱颖而出，而一些自私的心灵将无所遁形，当千千万万个生灵通过各种方法来到方舟制造基地之时，方舟有限的容纳数量引发前所未有的恐慌。最终，仅存的人们用互爱和对生命的尊重渡过了难关。
未来地球上一场可怕的战争后短暂的和平时期，一个外太空军事的学院被一个未知的、无法制止的外星力量攻击。学院的指挥官和一群新毕业的学生，逃脱到一个研究站。藉着外星力量，完成派遣给他们的在一个在宇宙未知地区神秘行星hyperspace出入口建立航空站的任务。他们的目标在哪里，他们将会能够回到地球吗？
不久的未来，地球遭受到致命病毒侵袭，人类尽乎灭亡，只有少数仅存的生还者转居地表下，才逃过这场空前浩劫。为了重返地面，科学家们研发出一种疫苗，并先在动物和死刑犯身上做试验，在施打疫苗后，将他们送回地面以测试效果。没想到疫苗却产生异变，被施打过的动物及人类成为不断腐化的行尸走肉。主导者为掩盖事实，以救援之名派遗部队到地面上，部队在发现实情后，除了要想办法自保，还要面对死尸的威胁。在死神安排下，他们是否能突破重围揭发真相？
2012年12月21日，在这次史无前例的灾难中，四个素不相识的人踏上了探寻墨西哥古代玛雅神庙的征程，因为据玛雅神庙记载，玛雅人最后的记录时间就是2012年。对于美国宇航局的科学家来讲，也许是洪水暴发，两极交替，对我们来说，那就是世界末日..