Lupin está de olho no tesouro nacional do país de Zufu, colocado em segurança em uma misteriosa ilha flutuante pelo falecido rei do país. O mecanismo de defesa superinteligente da ilha, no entanto, prova ser demais para Lupin, Jigen e Goemon controlarem sozinhos. A chave parece estar ligada à princesa de Zufu, o único sobrevivente da família real. Ela é mantida prisioneira pelo atual governante de Zufu, o General Headhunter, que recentemente conquistou o governo do país quando secretamente deu um golpe de Estado e executou o rei e o príncipe do país. Quando a gangue de Lupin sequestra a princesa para conseguir a chave, eles criam problemas por meio de um agente policial Zufu mortal chamado Olèander e uma recompensa de um milhão de dólares colocada na cabeça de Lupin pelo psicótico Headhunter. Agora, Lupin deve encontrar um caminho seguro para o tesouro, esquivando-se dos caçadores de recompensas a cada passo.
O simples roubo de diamante leva Lupin às maquinações de um culto bizarro. O culto é baseado em torno das profecias de Nostradamus, e eles sequestram Julia, a filha de Douglas, um americano rico que está a candidatar-se a presidência da America, junto com o diamante de Lupin. Em jogo está o livro perdido das profecias de Nostradamus que Douglas mantém no cofre no topo de seu arranha-céu.
Nesta aventura, Lupin III tenta apagar os arquivos sobre ele na rede policial mundial. Ele descobre sobre o Ultravírus, um vírus de computador que controla todos os outros e sua localização é conhecida apenas por uma criança. Enquanto isso, ele rouba a Estátua da Liberdade para procurar o "Super Egg", um diamante gigante que dizem estar escondido em algum lugar lá dentro. Aparentemente, o diamante e o Ultravírus estão de alguma forma relacionados…
O ladrão mestre Lupin III se disfarça e vai a um leilão na cidade de Nova York, dando um lance em um anel antigo. O anel contém a localização secreta de um broche lendário, que traz boa sorte para quem o usa. Quando um licitante o supera em um dólar, ele decide pegar o caminho mais tradicional e roubá-lo, apenas para tê-lo tirado dele por uma mulher chamada Cynthia. Cynthia é diretora de um dos maiores novos bancos, o "Banco do Mundo", e tem planos próprios depois de obter o broche…