Neo etsii epätoivoisesti totuutta Matrixista, josta puhutaan vain kuiskaten. Hän on varma, että se jollain sanoinkuvaamattomalla tavalla ohjailee hänenkin elämäänsä. Morpheus on elävä legenda, maailman vaarallisin mies, jolla Neo uskoo olevan vastaukset kaikkiin kysymyksiinsä. Morpheus puolestaan haluaa välttämättä löytää Neon. Hän uskoo, että Neo on "Valittu", jota odottaa suuri tehtävä. Kun miehet kohtaavat alkaa huikea ja samalla epätoivoinen kamppailu pelottavaa vihollista vastaan.
Palkkamurhaaja Black Mamba joutuu murhayrityksen kohteeksi omissa häissään. Päävastuullinen on mies nimeltä Bill, naisen ex-työnantaja ja rakastaja, sekä rikollispomo, jonka käskyn alla toimii myös iskun suorittanut eliittitapporyhmä Deadly Viper Assassination Squad. Nainen herää arpeutuneena koomasta vuosien kuluttua mielessään vain yksi ajatus: hän kostaa Billille. Hän kostaa kaikille. Hänen elämänsä ainoa tehtävä on tappaa kaikki, jotka yrittivät murhata hänet neljä vuotta sitten.
Hiipivä tiikeri, piilotettu lohikäärme on kertomus kostosta, rakkaudesta sekä oppilaana ja opettajana olemisesta. Legendaarinen Li Mu Bai (Chow Yun Fat) on kyllästynyt soturielämään, ja lahjoittaa jo kuulun miekkansakin, Syvän sinisen pois. Tukahdutetun rakkauden Shu Lieniin (Michelle Yeoh) voisi ehkä sytyttää liekkiinsä. Miekan ympärillä alkaa kuitenkin tapahtua asioita, jotka huokuttelevat Lin tarttumaan aseeseensa vielä kerran. Jadekettu (Cheng Pei-pei), Lin vanhan oppimestarin surmannut pahuuden perikuva ilmaantuu maisemiin. Häntä Li on jahdannut kuoleman kostaakseen jo vuosia. Jadeketulla on lisäksi salaperäinen opetuslapsi, jonka turmeltuneisuus ei ehkä sittenkään ole vielä lopullista.
Poliisin eliittiryhmää johtava komisario Chan Kwok-Wing potee syyllisyyttä pulloon tarttuneena, nuorisojengin surmattua hänen johtamansa ryhmän. Nyt joutuu elämänsä haasteen eteen, kun röyhkeä rikollisjoukko alkaa tappaa tarkoituksella poliiseja. Chan päämääräksi tulee soluttautua vihollisen joukkoihin ja kostaa. Avukseen hän saa nuoren poliisin, jossa tuntuu olevan jotain kummallista.
Koneiden armeija valmistautuu hyökkäykseen. Smith-klooneja on kaikkialla. Neo lentää…mutta ehkäpä edes Valitun uskomattomat voimat eivät ole tarpeeksi pysäyttämään metallihirviöiden etenemistä. Uudet liittolaiset liittyvät ihmisten riveihin taistelussa vastustajia vastaan, joiden lukumäärä on lisääntynyt ja taidot päivitetty sitten viime näkemän.
Taistelulajilegenda Jean Claude Van Damme tarjoilee uskomatonta fyysistä taituruutta voimaa ja tarkkuutta vaativassa turnauksessa, jossa taistellaan kuolemaan asti! Ninjitsuun erikoistunut Frank Dux (Van Damme) päättää kunnioittaa kuolevan opettajansa muistoa, ja matkustaa maapallon toiselle puolelle osallistuakseen salaiseen, joka viides vuosi käytävään raakaan taistelulajiturnaukseen nimeltä "Kumite". Dux joutuu käyttämään jokaista oppimaansa taktiikkaa ja pistämään likoon kaikki lahjansa taistellessaan tappokoneita vastaan. Silti voiton hinta on kovempi kuin hän ikinä osasi kuvitellakaan.
Neo. Trinity. Morpheus. He ja muut sankarit seisovat joko voiton tai hävityksen partaalla eeppisessä sodassa koneita vastaan tässä upeassa Matrix-trilogian viimeisessä osassa. Neolle tämä merkitsee menemistä Konekaupungin sydämeen, mullistavaan välienselvittelyyn räjähdysmäisesti voimakkaamman luopio-ohjelma Smithin kanssa.
Shadaloo City, Kaakkois-Aasia: Katkera sisällissota on jatkunut jo seitsemän kuukautta eikä taisteluille näy loppua. Säälimätön kenraali Bison on surmannut 12 liittoutuneiden sotilasta ja pitää panttivankeina 63 avustustyöntekijää. Lunnasvaatimus on huima: 20 miljardia dollaria. Vaihtoehdot ovat vähissä ja apuun kutsutaan eversti William W. Guille, joka luovuttaa erikoiskommandonsa liittoutuneiden käyttöön.