최고의 파일럿이자 전설적인 인물 매버릭은 자신이 졸업한 훈련학교 교관으로 발탁된다. 그의 명성을 모르던 팀원들은 매버릭의 지시를 무시하지만 실전을 방불케 하는 상공 훈련에서 눈으로 봐도 믿기 힘든 전설적인 조종 실력에 모두가 압도된다. 매버릭의 지휘 아래 견고한 팀워크를 쌓아가던 팀원들에게 국경을 뛰어넘는 위험한 임무가 주어지자 매버릭은 자신이 가르친 동료들과 함께 마지막이 될지 모를 하늘 위 비행에 나서는데...

제2차 세계대전이 발발하고 중립을 지키던 미국은 1941년 크리스마스를 몇주 앞둔 12월 7일 일본으로부터 진주만 습격을 당한다. 이후 전 세계를 향한 일본의 야욕이 거세지고, 역사상 최대 규모의 미국 본토 공격을 계획한다. 군은 진주만 다음 일본의 공격 목표가 어디인지 암호를 해독하기 위해 애쓰고, 동시에 긴박하게 전열을 정비해 나간다. 가까스로 두 번째 타겟이 미드웨이라는 것을 알아낸 미국은 반격을 준비하지만, 절대적으로 불리한 상황에 놓이고 마는데...

미 국방부는 격침당한 잠수함의 행방을 찾기 위해 ‘헌터 킬러’를 극비리에 투입시키고 캡틴 ‘글래스’ 는 배후에 숨겨진 음모가 있음을 알게 된다. 한편, 지상에서는 VIP가 납치되어 전세계는 초긴장 상태에 놓이게 되는데… 일촉즉발 위기상황, VIP를 구출하라! 단 한 척의 공격 잠수함 ‘헌터 킬러’와 최정예 특수부대 네이비 씰의 숨막히는 육해공 합동 작전이 펼쳐진다!