Tom Hanks er Michael Sullivan, leiemorderen "The Angel of Death" som jobber for en irsk-amerikansk bande i Chicago under den store depresjonen i 1930. Når Sullivans kone (Jennifer Jason Leigh) og sønn blir myrdet, tvinges Sullivan og hans gjenlevende sønn til å flykte. På flukt planlegger Sullivan hevn over mannen som tok livet av familien hans.

Inspirert av den sanne historien om den største sikkerhetsbruddet i USA's historie. FBI-agenten Robert Hanssen var tilsynelatende en pliktoppfyllende tjenestemann. Så kom det frem at han i 16 år hadde spionert for Sovjetunionen og senere Russland. Dette er historien om assistenten som bidro til å avsløre ham. Eric O’Neill er ansatt på lavt nivå i FBI, men endelig får han et spesialoppdrag som sekretær for agent Robert Hanssen og skal rapportere oppover i systemet om all suspekt opptreden. Hanssen er først nedlatende og humørsyk, men blir gradvis mer imøtekommende. O’Neill finner ikke spor av noe illegalt dobbeltliv. Han diskuterer saken med sin overordnede og får vite at Hanssen egentlig etterforskes for spionasje. FBI ønsker å ta ham på fersken. Agenten begynner å få mistanke om overvåkningen, og O’Neill må bruke all sin kløkt for å få Hanssen til å slappe av og kanskje gjøre noe avslørende. Taktikken virker.

Mens Andrea Gail har stor fiskelykke på Flemish Cap, begynner et uvær å bygge seg opp i Atlanterhavet. Tre stormfronter er i ferd med å møtes. Sammen vil de skape den verste stormen i moderne tid. Billy og mannskapet vil ikke la fangsten råtne mens uværet herjer. De bestemmer seg for å trosse naturkreftene og komme hjem i tide. Men Billy mister radiokontakten og får aldri høre stormvarselet som forteller hvilket monster som er i ferd med å bygge seg opp. Andrea Gail og besetningen på seks er overlatt til seg selv. Snart møter de "Den Perfekte Stormen"...