Kesk-Ameerika džunglis missioonil olev erivägede rühm avastab, et neile peab jahti tulnukast sõdalane.

Kui oled alistanud kurja lohe, vabastanud kauni printsessi ja päästnud oma äia-ämma kuningriigi, siis mida üks sookoll peaks edasi tegema? Shrekist on saanud talle endalegi ootamatult kodustatud pereisa. Selle asemel, et hirmutada külarahvast nagu ennevanasti, jagab ta nüüd hangudele autogramme. Ja mis on saanud Shreki metsikust möirgest? Unistades päevadest, mil ta tundis end “tõelise sookollina”, kirjutab Shrek alla lepingule Ruuben Tirtsuga. Korraga leiab ta end mingis pea peale pööratud maailmas, kus sookollidele peetakse jahti, Ruuben Tirts on kuningas ning Shrek ja Fiona pole kunagi kohtunudki. Nüüd peab Shrek ise enda suure eksisammu heastama, sest vaid nii on tal lootust päästa oma sõbrad, muuta maailm endiseks ning võita tagasi oma tõeline armastus.