Ilma illusioonideta noormees võitleb oma unetuse vastu, mis võib-olla on tagajärg tema igavusest halli ja rutiinse eluga. Lennureisil kohtub ta karismaatilise seebimüüjaga Tyler Durdeniga, kellel on väga eriline filosoofia: perfektsionism on nõrkade inimeste töö; selle asemel on enese hävitamine ainus asi, mis teeb elu tõesti elamist väärt. Mõlemad otsustavad moodustada salavõitlusklubi, kus saavad vabaneda oma pettumusest ja vihast, mis saab olema suur edu.
On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?
Maale tagasiteel olev kosmoselaev saab hädaabisignaali võõralt planeedilt. Asja uurima minnes ei leita eest ühtegi jälge inimtegevusest. Planeedilt leitakse ainult suures koguses kahtlase päritoluga suuremõõtmelisi munasi. Nad toovad ühe muna pardale ning avavad selle - esmapilgul surnuna tunduv muna sisu aga ärkab ning hüppab ühele meeskonnaliikmele otse näkku, tappes tolle. Olendit vigastades sööbib tema sisikond läbi mitme kosmoselaeva teki. Põgenema pääsenud külaline aga hakkab tohutul kiirusel arenema ning meeskonnal puuduvad vähimadki vahendid tema peatamiseks ning enesekaitseks.
Kümme aastat tagasi hävitas Sarah Connor esimese terminaatori. Nüüd saabub teine, samasugune tapamasin. Kuid seekordse versiooni ülesandeks on peatada veelgi surmavam terminaator T-1000 , kes on saadetud tapma nüüdseks teismeliseikka jõudnud tulevast inimeste vastupanuliikumise juhti, John Connorit. Sarah, John ja Terminaator lähevad peatama teadlast, kes tegeleb Skynet süsteemi ja selle allüksuste arendamisega.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Uue aastatuhande saabumist tähistavad pidustused on 1999. aasta Los Angeleses hoogu kogumas ning selles ümberringi valitsevas segaduses ja kaoses tegutseb endine politseinik Lenny Nero, kelle praeguseks sissetulekuallikaks on äritsemine diskettidega, millele on talletatud inimeste mälestused ja emotsioonid. Kui ühel päeval satub tema valdusesse diskett, kuhu on salvestatud ühe prostituudi jõhker mõrv, kistakse asja vastu huvi tundma hakanud Nero kiiresti LA kuritegelikku maailma, kus mees peatselt leiab, et tema elu ripub juuksekarva otsas.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.
Möödus kümme aastat sellest, kui John Connor - Nick Stahl - päästis inimkonna hävingust. Täna on John 25-aastane ja elab peidus: tema olemasolust pole dokumentaalseid tõendeid. Nii väldib ta Skynet'i - keeruka masinakorporatsiooni, kes kunagi oma elu lõpetada üritas, jälitamist. Kuid nüüd, tulevikust, on talle saadetud T-X (Kristanna Loken), Skyneti kõige arenenum küborgi tapmismasin. Selle missioon on viia lõpule töö, mida eelkäija T-1000 ei suutnud lõpule viia. T-X on nii halastamatu masin, kui see on oma inimlikust aspektist ilus. Nüüd on Connnori ainus ellujäämislootus Terminaator.