오렌지제도를 여행하던 지우 일행. 그들 앞에 의문의 수집가 「라단」이 나타나 불의 신이라고 불리는 「특별한 파이어」를 붙잡아 버린다. 그것이 원인이 되어 자연계의 균형은 망가지고, 세계에는 천재지변이 일어나기 시작한다. 지우 일행은 세계를 구할 수 있을 것인가... 그리고 이 순간에 나타난 환상의 포켓몬 「루기아」는 과연 적인가 아군인가?!

장난꾸러기 플라이와 여동생 스텔라는 외출한 부모님 대신 온 안나 숙모의 보호 아래 집을 지킨다. 몸이 근질근질한 플라이는 동생과 사촌 척을 데리고 숙모가 자는 틈을 타 탈출을 시도한다. 우연히 빠져들어간 동굴 속에는 괴짜 박사 맥크릴이 물고기다 되는 약을 만들어 실험을 하고 있다. 호기심 많은 철부지 동생 스텔라가 약을 마시고 불가사리로 변해버린다. 스텔라를 구하기 위해 날치가 된 플라이, 해파리가 된 척은 하루 안에 해독제를 찾아 인간으로 돌아와야 한다.

자신의 아름다운 양털에 자부심을 느끼던 양이 양털을 깍이게 되자 자심의 초라한 모습에 낙심하게 된다. 그러던 중 지나가던 큰 뿔 사슴의 있는 그대로의 삶을 즐기라는 충고에 희망을 잃지 않고 즐겁게 살아간다는 이야기이다.