بلافاصله پس از حوادث قسمت اول آغاز می شود. ولورین مرد سر سخت، در پی یافتن گذشته خود است. پروفسور چارلز بزرگترین تله پاتیست جهان نیز مشغول اداره مدرسه ایکس است. او در این مدرسه به میوتانتهای جوان نحوه استفاده صلح آمیز از تواناییهای خارق العاده شان را آموزش می دهد (میتانتها موجودات جهش یافته با تواناییهای خارق العاده هستند). اما ماگنتو بر خلاف وی معتقد است که میوتانتها بخاطر توانایی و دانایی بیشتر بایستی بر انسانها و جهان حکومت کنند. در همین هنگام موضوع میوتانتها تبدیل به یک بحث سیاسی حساس در میان انسانها شده است. در این زمان حادثه سو قصد به جان رئیس جمهور پیش می آید که توسط یک میوتانت مرموز به اسم خزنده شب انجام می شود. رئیس جمهور جان سالم بدر می برد اما موج مبارزه با میوتانتها در سطح کشور براه می افتد. در این هنگام نیروهای نظامی به رهبری ژنرال استرایکر به مدرسه ایکس حمله کرده و میوتانتها را بازداشت و محاصره می کنند. این در حالیست که در واقع استرایکر همان کسی است که در پشت ماجرای ترور بوده و این نقشه را برای نابودی میوتانتها طرح کرده است

دو مرد با قدرت‌های خارق‌العاده به یک آکادمی خصوصی از هم نوعانشان می‌آیند. در واقع افراد این آکادمی تیمی از ابرقهرمان‌ها هستند که باید با یک تشکیلات تروریستی با قدرت‌های مشابه مقابله کند.

تونی استارک از سمّی مهلک درون بدن خود، که از آثار سو فناوری مردآهنی است بطور مخفیانه رنج می‌برد. او قدم به قدم به مرگ نزدیکتر می‌شود. اما از سوی دیگر، یک مهندس روسی بنام «ایوان» در صدد است از تونی استارک انتقام مرگ و زندگی سخت پدر خود را بگیرد. پدرش سابقا همکار پدر تونی استارک بود. او موفق به ساخت شلاق‌های انرژی‌داری می‌شود که قابلیت رد شدن از آهن را دارند. در جریان سفری به موناکو تونی با وی برای بار نخست روبرو می‌شود. از سوی دیگر دولت آمریکا بدنبال تسخیر فناوری مردآهنی برای مقاصد اسلحه‌سازیست. تونی مدام مقاومت می‌کند. تا اینکه تونی به یک پیغام شخصی از پدر مرحوم خود برخورد می‌کند و …

سوپر قهرمان لاابالی و الکلی لس آنجلس، «جان هنکاک» (اسمیت) اگرچه جان بسیاری را نجات می دهد، اما باعث خرابی های بسیاری نیز می شود. تا این که مردی به نام «ری امبری» (بیتمن) که هنکاک جانش را نجات داده تصمیم می گیرد که تغییری در ظاهر، رفتار و اصلا روابط عمومی سوپر قهرمان به وجود بیاورد...

بعد از مرگ دکتر Doom، چهار شگفت انگیز احساس میکنند که باید زندگى نرمال خود برگردند و در این بین ریچارد و استورم با هم ازدواج میکنند. چهارشگفت انگیز متوجه مى شوند که آنها تنها افراد با نیروهاى فرازمینى نیستندکه روى زمین وجود دارند. آنها با دو تهدید مواجه شدهاند: یکى موج سوارنقره اى که با تفکرات مخرب زیادى به زمین آمده و دیگرى همان الهه انتقام قبلیشان. آنها متوجه میشوند که دشمنى تازه به نام Silver Surfer قصد اینرا دارد که زمین را تخریب کند و زمین را از بین ببرد بنابراین در صددمخالفت با آن بر مى آیند …