داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آن‌ها تسخیر ژاپن بود.
«کاکران» (کاستنر)، خلبان سابق نیروی هوایی برای گذران تعطیلات به مکزیک می‌رود. در آن جا «تیبی مندس» (کویین) قدرتمند و خشن که یک امپراتوری اختصاصی برای خود به راه انداخته، به گرمی از او استقبال می‌کند، چون خود را دوست و مدیون او می‌داند. با این همه «کاکران» و همسر «مندس» به یکدیگر دل می‌بندند و با هم فرار می‌کنند...