L'histoire se passe après la victoire de Seirin lors de la Winter Cup. Une équipe de street basketball américaine appelée Jabberwock, est invitée au Japon pour un match amical contre l’équipe japonaise, Strky. Cependant, la confrontation prend une tout autre tournure lorsque les spectateurs découvrent le jeu moqueur de Jabberwock qui prend un malin plaisir d’humilier l’équipe adverse en les faisant paraître sans valeur. Après avoir entendu ça, Aida Kagetora propose à l’équipe américaine un match revanche qui se déroulera dans une semaine, contre une autre équipe japonaise nommée Vorpal Swords. Cette fameuse équipe est constituée de la Génération des Miracles, Kuroko et Kagami avec comme coach Kagetora, Riko et Momoi.
Le 3 janvier U.C. 0079, la Principauté de Zeon déclare la guerre à la Fédération de la Terre et massacre le gouvernement anti-Zeon de Side 2 « Hatte ». Dans le même temps, une force d'assaut mobile dirigée par Kycila capture les villes lunaires de Grenade et Von Braun. Le 16 janvier, la colonie se sépare en trois composantes lors de l'entrée atmosphérique et détruit le sud-est de l'Australie, le sud-ouest du Canada et la majeure partie de l'Asie de l'Est, entraînant la disparition de la moitié de la population mondiale.
Fujiko Mine, la femme fatale dévastatrice dont la seule fidélité est à son désir, se lie d'amitié avec un jeune garçon dont le défunt père a caché une fortune. Un tueur est sur les traces du garçon et c'est à Fujiko de l'arrêter: mais où se situent vraiment ses intérêts? Fujiko fait face à son plus grand ennemi dans cette suite remplie de rebondissements à "Jigen's Gravestone" et "Goemon's Blood Spray".
La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel.
Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias.
Lupin doit s'emparer d'un diamant qui se trouve être caché... dans la statue de la liberté !
Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !
Une vieille clocharde alcoolique hante les rues de Manhattan en fredonnant une étrange comptine. Elle est à la recherche de Lupin pour lui demander de retrouver le trésor de la Tour de Babel grâce à un chandelier que la vieille femme garde en sa possession. Confronté à des gangsters de pacotille qui n'ont pour seul objectif que de le descendre, Lupin finit par accepter (un peu contre son gré) et met la main sur une énorme statue de lion en or. Néanmoins, notre cambrioleur doit bien reconnaître que ce butin semble bien pauvre comparé au trésor décrit dans la légende. Le trésor de Babylone ne semble pas prêt d'être retrouvé…
Tous les protagonistes racontent leur version de l'histoire et donnent des précisions sur les zones d'ombre.
Blade, un flic mi-homme mi-cyborg doit élucider une série d'enlèvements mystérieux. Un mystère complexe se révéle, alors qu'il plonge dans les enfers de la ville. En son coeur, la société Sintek et son chef, l'impitoyable et belle Elexis Sinclair. Biochimiste brillante, Sinclair ne reculera devant rien pour atteindre son but: un plan qui pourrait forcer la prochaine étape de l'évolution humaine ou mener l'humanité à la catastrophe.
Devant l'impuissance de la justice, trois sœurs deviennent des voleuses afin de récupérer les peintures de leur père qui leur ont été dérobées. Agiles comme des chats, elles avertissent la Police de leurs futurs cambriolages dans des lieux sécurisés chez des particuliers ou des musées. Mais cela ne suffit pas à la Police pour leur mettre la main dessus...