Sündides avastab 9 end keset post-apokalüptilist maailma. Kõik inimesed on kadunud ja ainult läbi juhuse leiab ta rühma endasarnaseid olevusi, kes varjavad end mööda maad liikuvate koletute masinate eest. Uustulnuk 9 veenab peagi teisi, et enda varjamisest pole mingit kasu. Kui nad tahavad ellu jääda, siis peaks hoopistükkis ise ründama ja välja selgitama, miks masinad neid hävitada tahavad. Nagu nad varsti avastavad, võib kogu tsivilisatsiooni tulevik olla nende kätes.
Kolm üksteisest sõltumatut narratiivtelge, mis minutite möödudes hakkavad ühendama, moodustavad aluse, mille kaudu filmi süžee areneb. Peamine neist on tegevuse keskpunktiks New Yorgi hiilgav psühhiaater Nathan Conrad (Michael Douglas). Pärast noore ja salapärase patsiendi juures käimist näeb ta ühel hommikul järsult oma elu muutust, kui tema väike tütar ilma nähtava põhjuseta röövitakse. Teine telg näitab juveelivargade jõugu juhte (Sean Bean), kes otsivad iga hinna eest kättemaksu pärast seda, kui üks tema partneritest on reetnud. Ja kolmas telg sulgeb kolmnurga uurimisega, mille politsei tõlgendas Jennifer Esposito kahe vägivaldse mõrva tagajärjel.