Optimus Prime, Bumblebee, Arcee, Ratchet i Bulkhead powracają, aby powstrzymać Megatrona. Przywódca Deceptikonów po zdobyciu Mrocznego Energona jest mocniejszy niż kiedykolwiek i w związku z tym planuje posiąść władzę nad życiem i śmiercią. Pomimo mniejszych sił Autoboty są w stanie przeciwstawić się armii Megatrona , dzięki nawiązaniu ścisłej więzi z trójką ludzkich przyjaciół.
Wiele wieków temu, w okresie między końcem ery magii a początkiem ery postępu, magiczne stworzenia są zagrożone, ich upadek wydaje się nieuchronny. Jedynymi, które jeszcze walczą, są smoki. Równowaga świata jest powierzona czterem braciom czarodziejom i ich czterem smokom. Carolinus, mag natury, ze swoim smokiem Gorbaszem. Lotazar, czarodziej światła i powietrza, ze swoim smokiem Shin-tzu. Solarius, czarodziej wody, przestrzeni i wysokości, ze swoim księżycowym smokiem. I wreszcie Omadan, czarnoksiężnik wszystkiego, co złe i potworne, ze swoim smokiem Briagrem. Carolinus, przerażony tym, co ma się wydarzyć, wzywa trzech braci do Pałacu Starożytności, silnych i potężnych istot wszystkiego, co było, jest i będzie.
Jake to były obiecujący pilot Jaegerów, którego legendarny ojciec poświęcił życie, by ocalić świat przed inwazją olbrzymów Kaiju. Przemiana, jaka zaszła w Jake’u, zaprowadziła go do kryminalnego podziemia. Kiedy jednak kolejna inwazja pustoszy Ziemię, Jake otrzymuje ostatnią szansę, by kontynuować dzieło ojca. Ma mu w tym pomóc siostra Mako Mori, z którą od dawna nie ma kontaktu. Mako jest szefową nowej generacji pilotów. Ich jedyną szansą na ocalenie Ziemi jest pojednanie.
W Kolorado, 900 lat po wojnie nuklearnej w USA, ludzkość została odesłana z powrotem do stylu życia z epoki kamienia. Amazonki rządzą plemionami, mężczyźni są głupi, albo trzymani jako niewolnicy i partnerzy seksualni, albo żyją dziko jak zwierzęta. Tylko Korvis i jego przyjaciel są wystarczająco inteligentni, by uciec i założyć własne plemię. Czy uda im się na nowo nauczyć kobiety miłości do mężczyzn?