Enterprisen miehistö palaa kotiin ja joutuu todistamaan järkyttävää terroritekoa. Heidän omaan organisaatioonsa on soluttautunut tuhoa jäljessään kylvävä voima. Tähtilaivasto, ja kaikki mitä se edustaa, hävitetään ja maailma suistuu ennennäkemättömään kriisiin. Tämän yhden miehen joukkotuhoaseen jahtia sodan runtelemalla maaperällä johtaa kapteeni Kirk, jolla on omat syynsä tasata tilit hänen kanssaan. Takaa-ajo muuttuu eeppiset mittasuhteet saavaksi shakkipeliksi, jossa panoksina ovat elämä ja kuolema, rakkaus ja ystävyys. Kirkin on tehtävä uhrauksia perheensä tähden, sen ainoan joka hänellä on koskaan ollut – miehistönsä.