"Avatar" on lugu endisest mereväelasest Jake Sully'st, kes sai vigastada lahingus ja on halvatud vööst allpool. Ta otsustab osaleda Avatari programmis, mis peaks andma talle tagasi terve keha. Ta reisib Pandorasse, külluslikku vihmametsa, mis on täidetud uskumatute eluvormidega - mõned ilusad, mõned hirmutavad. Pandora on koduks ka Na'videle, humanoididele, keda inimesed peavad primitiivseks, aga tegelikult on nad evolustiooniliselt palju rohkem arenenud kui inimesed. Üle kolme meetri pikad, sabadega ja läikiva sinise nahaga, elavad Na'vid harmooniliselt oma maailmas. Kui aga inimesed hakkavad Pandorat kahjustama, et leida väärtuslikke mineraale, ohustab see Na'vide elu, ja nad on sunnitud näitama oma sõjalisi võimeid.

Kaks astronauti ärkavad kosmoses ja leiavad ennast olevat ainsad inimesed laevas, kuid kuulevad laeva keskkohast siiski hääli. Uurides kosmoselaeva, avastavad nad, et seal on juhtunud midagi hirmsat, mis võib mõjutada terve inimkonna saatust...