Kad Šreks apprecēja princesi Fionu, kļūt par Tāltālās karaļvalsts karali nebija viņa plānos. Bet kad viņa sievastēvs - karalis Herolds saslimst, Šreka rokās ir atrast piemērotu kandidātu karaļa tronim vai arī viņam pašam nāksies atteikties no klusās un mierīgās dzīves purvā, lai kāptu tronī. Kopā ar labākajiem draugiem - Ēzelīti un Runci Zābakos - Šreks dodas ceļā, lai uzmeklētu to, kurš, viņaprāt, būt karaļa troņa cienīgs.

Džūnijs un Karmena dodas uz kādu noslēpumainu salu, kur viņi sastop ģenētisko zinātnieku un konkurējošus spiegu bērnus.