أحدهم زرع القنابل في كل مكان ولم يتمكن أحد من معرفة هويته. من يكون؟ من وراءه؟ وهل سيتمكن المحقق كونان من إيقافه؟
يتوجه ستة أفراد نينجا من الشباب في مهمة للدفاع عن جزيرتهم ومسقط رأسهم التي تُدعى (نينجاجو)، وليلًا، هم محاربون موهوبون، يستخدمون مهاراتهم وأسطول شاحناتهم الهائل لمقاتلة الأشرار والوحوش، ونهارًا، هم مراهقون اعتياديون، يكافحون ضد عدوهم الأعظم: مدرستهم الثانوية.