Filmdə Qarabağ problemi nəticəsində paytaxta axışan qaçqınlar və onların şəhər əhalisi ilə münasibətləri öz əksini tapıb. Filmin mövzusu qısa bir zaman kəsiyini – bir yay ərzində baş vermiş hadisələri əhatə edir. "Əlvida, cənub şəhəri" Bakının 2000-ci il mənzərəsinin əks olunduğu kadrlarla başlayır. Kabinetdə şıq kostyumlu və qalstuklu şəxs mobil telefonla hansısa binaların sökülməsi tapşırığını verir. Növbəti kadrlarda isə başı dibindən qırxılmış, çiynində çanta olan gənc oğlan bir restorana girir və burada tanışı ilə... rastlaşır. Onların söhbətindən belə məlum olur ki, bu gənc -Alik həbsxanadan çıxıb. Tanışı – Rza ona Farizi öldürməyi təklif edir. Əks halda, Fariz Alikin "işini" bitirəcək. Alik isə razılaşmır. Daha sonra titrlərin köməyilə hadisələrin 1988-ci il Bakısında cərəyan etdiyi aydın olur. İçərişəhər həyətlərinin biri... Ümumi həyətə, ümumi pilləkənə bir neçə qonşunun qapısı açılır. Alikin də yaşadığı bu həyətin sakinləri çoxdanın qonşularıdır...
Filmdə xarici kəşfiyyat agentlərinin axtarılıb tapılması və Azərbaycan çekistlərinin onlarla mübarizəsi haqqında danışılır.