Aastal 2035 mõistis James Cole süüdimatult vabatahtlikult tagasi vabatahtlikud, kes saadeti tagasi, et avastada surmav viirus, mis hävitas peaaegu kogu maakera elanikkonna ja sundis ellujäänud maa-alustesse kogukondadesse. Kuid kui Cole saadetakse ekslikult 1996. aasta asemel 1990. aastasse, arreteeritakse ta ja ta lukustatakse vaimuhaiglasse. Seal kohtub ta psühhiaatri dr Kathryn Railly ja kuulsa viiruseeksperdi poja Jeffrey Goinesega, kellel võib olla salapärase petturirühma - 12 ahvi armee - võti, kes vastutab tapjahaiguse vallandamise eest.

Melanie Daniels tutvub ühes San Francisco linnupoes advokaat Mitch Brenneriga. Hoolimata mehe pisut sarkastilisest käitumisest snobistliku Melanie vastu, otsustab Melanie teda, tema ema Lydiat ja õde Cathyt Bodega Bays külastada. Kui Melanie kohale jõuab, ründab teda üks kajakas. Kuid see rünnak ei jää ainukeseks: päev hiljem ründavad kajakad lapsi, kamina kaudu lendavad majja varblased, leitakse surnud farmer, kelle silmad on välja nokitud. Järjest rohkem linde hakkab inimesi ründama.