Film o tom, co se přihodí, když se někdo pokusí zasáhnout do Bohem pečlivě plánovaného osudu jednotlivce. Apokalypsa v podobě nenasytné obludy začne brzy ohrožovat celý svět, a tak má hrdinka co dělat, aby svou chybu napravila. Co ale její vlastní osud?

Raphael, Leonardo, Michelangelo a Donatello. Kdo by neznal čtyři „želváky“, kteří jako komiksové postavy patří už celá léta k absolutním hvězdám nejen dětského světa. Žijí v newyorské kanalizaci a díky radioaktivnímu záření zmutují do lidské velikosti. Pod vedením mistra Třísky, krysího muže, se naučí bojovým uměním a spřátelí se s televizní reportérkou April. Pomáhají lidem a hlavně vedou úspěšný boj proti asijskému gangu, v jehož čele stojí tajemný Trhač. Ten se rozhodne želvy odstranit a unese mistra Třísku. Naši nindžové to ale nenechají jen tak a vyráží mu na pomoc...

Dva mimoni si odpykávají trest ve věznici. Jednoho dne se jim při venkovních povinných pracích podaří s pomocí jiného vězně uniknout. Útěk za kýženou svobodou však neprobíhá úplně podle plánu.

Díky záhadné tekutině je možné vytvořit nové zmutované tvory. Zlý Trhač je chce použít proti želvím nidžům. Mladý chlapec Keno rozváží pizzu. Při jedné rozvážce přistihne bandu lupičů, kteří kradou zboží. Jelikož dobře ovládá bojová umění, postaví se neohroženě proti nim, a než se vzpamatuje, má po boku tři želví nindži, s jejichž pomocí lupiče porazí. V téže době se probouzí k životu Trhač, který nindžům přísahá pomstu. Mezitím urychleně pokračuje likvidace odpadu na skládce podniku TGRI; právě tekutina, která odtamtud kdysi unikla, způsobila mutaci želv a krys a stále ještě ohrožuje vše živé. Profesor Jordan Perry už zlikvidoval prakticky všechny láhve, zbývá jen jedna jenomže ta se dostane do rukou Trhače a jeho pěšáků, Trhač navíc zajme i samotného profesora, jehož donutí, aby vytvořil další příšerné zmutované tvory, kteří by mu pomohli nindži zprovodit ze světa..

Želvy cestují časem zpět do dob starověkého Japonska, kde mohou trénovat bojová umění.