Filmdə Qarabağ problemi nəticəsində paytaxta axışan qaçqınlar və onların şəhər əhalisi ilə münasibətləri öz əksini tapıb. Filmin mövzusu qısa bir zaman kəsiyini – bir yay ərzində baş vermiş hadisələri əhatə edir. "Əlvida, cənub şəhəri" Bakının 2000-ci il mənzərəsinin əks olunduğu kadrlarla başlayır. Kabinetdə şıq kostyumlu və qalstuklu şəxs mobil telefonla hansısa binaların sökülməsi tapşırığını verir. Növbəti kadrlarda isə başı dibindən qırxılmış, çiynində çanta olan gənc oğlan bir restorana girir və burada tanışı ilə... rastlaşır. Onların söhbətindən belə məlum olur ki, bu gənc -Alik həbsxanadan çıxıb. Tanışı – Rza ona Farizi öldürməyi təklif edir. Əks halda, Fariz Alikin "işini" bitirəcək. Alik isə razılaşmır. Daha sonra titrlərin köməyilə hadisələrin 1988-ci il Bakısında cərəyan etdiyi aydın olur. İçərişəhər həyətlərinin biri... Ümumi həyətə, ümumi pilləkənə bir neçə qonşunun qapısı açılır. Alikin də yaşadığı bu həyətin sakinləri çoxdanın qonşularıdır...
Film müasir dövrümüzün ən aktual problemlərinə toxunmuşdur. Burada 1989-cu ildə Azərbaycanda baş verən siyasi hadisələrin bir ailəyə təsirindən danışılır.
Filmdə xarici kəşfiyyat agentlərinin axtarılıb tapılması və Azərbaycan çekistlərinin onlarla mübarizəsi haqqında danışılır.
Film Avropadan qayıdandan sonra öz milli adət-ənənələrimizə yuxarıdan aşağıya baxan həmvətənlərimiz haqqındadır. Əlibala azərbaycanlı olduğunu danır, fransızca danışmağa başlayır. Onu yola gətirmək üçün hər yola müraciət edirlər, bir xeyri olmur. Sonradan məlum olur ki, Əlibala hələ sünnət olunmayıb. Məcburi sünnət elədikdən sonra Əlibala çevrilib olur müsəlman, azərbaycanlı.
Filmdə şərəf, vicdan, insani və peşə ədəbi məsələləri gündəmə gətirilir. Çətin bir həyat vəziyyətinə düşərək özünü bir insan kimi qoruyan təvazökar bir universitet müəllimi Qiyasın hekayəsi. Oğlu Namikin günahı ilə bir qız avtomobil qəzasında öldü. Cəza tədbiri əsasən işin hüquqi keyfiyyətindən asılı idi. İşdən məsul olan müstəntiq, səhlənkar oğlunun instituta qəbulu tələbi ilə Qiyasa müraciət etdi...