Главният герой живее в един абсурден, постиндустриален свят, където природата е изчезнала и човешките отношения.

Четири костенурки и плъх попадат на генномодофициращ разтвор, изхвърлен в канал, който ги трансформира и им придава човешки черти. Плъхът става техен наставник и учител, и ги посвещава във нинджичу. Сега костенурките ще трябва да използват новооткритите си умения, в сраженията с престъпноста в Ню Йорк!

Костенурките и Шрьодер ще се изправят отново в битка, но този път на знаменателното място за тях - там, където са се превърнали в това, което са, и където Шрьодер ще се опита да създаде цяла армия нови мутанти.

Костенурките отново са тук... навреме! Древна Япония, 1603 година. Без карта. Без следа. Без... пица. Четирите нинджи пътуват назад във времето, в дните на легендарните смъртиносни самураи в древна Япония, където те ще усвоят до съвършенство изкуството да бъдеш някой! На зелените мутанти също ще им се наложи да помогнат на малкото село да се възтанови.