Όταν ποσότητες ραδιενεργών αποβλήτων έρχονται σε επαφή με τέσσερα χελωνάκια κι έναν αρουραίο στους σκοτεινούς υπονόμους της Νέας Υόρκης, η χημική αντίδραση που δημιουργείται προκαλεί κάτι αδιανόητο. Ο αρουραίος είναι πλέον ο σοφός δάσκαλος Σπλίντερ και οι χελώνες… χελωνονιντζάκια! Ο Ραφαέλ, ο Μικαλάντζελο, ο Ντονατέλο κι ο Λεονάρντο είναι άσοι στο να τρώνε πίτσα και να καταπολεμούν το έγκλημα με τις γνώσεις τους πάνω στις πολεμικές τέχνες. Ο εχθρός ονομάζεται Σρέντερ και η επιθυμία του να κατακτήσει τον κόσμο μπορεί να βρει κόντρα μονάχα από τους τέσσερις ήρωες.

Ο Μαξ ονειρεύεται μία ξένοιαστη ζωή γεμάτη χαρά και διασκέδαση, καθώς φεύγει για το κολέγιο. Ο Γκούφη όμως, νιώθει αφόρητη μοναξιά. Έτσι αποφασίζει να πάει να τον βρει και... να τελειώσει κι αυτός το κολέγιο μαζί με τον Μαξ και τους φίλους του. Όταν ο Γκούφη συναντά το βιβλιοθηκάριο, θυμούνται τις τρέλες τους της δεκαετίας του ΄70 και κλέβουν την παράσταση. Μ’ αυτόν τον τρόπο ο Γκούφη προσπαθεί να πλησιάσει τον Μαξ και να γίνει ένας μοντέρνος πατέρας. Σιγά-σιγά, ο ένας ανακαλύπτει τον άλλον και μαθαίνουν και οι δύο με τον καλύτερο τρόπο πώς να ζούνε, να εργάζονται, αλλά και να...χορεύουν μαζί!

Όταν ο εκκεντρικός δισεκατομμυριούχος Μαξιμίλιαν Βίντερς εξαπολύει τις κοσμικές δυνάμεις μιας θανάσιμης στρατιωτικής μηχανής στην πόλη προκειμένου να προσπαθήσει να "σπάσει" μια αρχαία κατάρα, ο Λεονάρντο, o Ραφαέλ, ο Ντονατέλο κι ο Μικελάντζελο θα πρέπει για ακόμη μία φορά να βγουν από τον υπόνομό τους και να κερδίσουν τη μάχη του καλού ενάντια στις σκοτεινές δυνάμεις του κακού. Μαζί με τους υπέργειους "συμπατριώτες" τους Έιπριλ Ο'Νιλ και Κέισι Τζόουνς, οι τέσσερις ήρωες θα εμπλακούν σε μια συναρπαστική περιπέτεια!