O projeto de exploração de Marte foi destruído por um ataque alienígena em 2039. Sete anos mais tarde, as Nações Unidas lançam uma missão de busca e destruição dos alienígenas no espaço profundo. Mikako e Noboru terminaram suas provas para entrarem na escola secundária ou parecia ser. Entretanto Mikako é escolhida para participar como piloto desta missão, e isso os separa. Quando ela se encontra no espaço, sua única forma de comunicação é por e-mail, que demora cada vez mais para ir e vir, enquanto as naves espaciais viajam para fora do sistema solar.

Um dia, um monstro gigante aparece no cimo de um edifício, fazendo com que a Unidade de Segurança Pública entre em acção. Yuki, uma rapariga muito bisbilhoteira e corajosa, descobre uma criatura muito estranha, chamada Cenco, e Tetsu, o rapaz que a tem criado em segredo. Um misterioso rapaz aparece com a capacidade de controlar o grande monstro que se encontrava no cimo do edifício, causando o caos por toda a cidade. E assim começa uma batalha inesperada.

Uma tempestade surge no horizonte. Quando uma nuvem densa e negra assombra uma pequena vila, os residentes descobrem que esta pode acabar com muito mais do que um céu azul e limpo.