Uma Tūrmane ir slepkava, kurai viņas kāzu dienā uzbrūk viņas priekšnieka bandas Bils (Deivids Karradīns) locekļi. Viņai izdodas izdzīvot uzbrukumā, kaut arī viņa joprojām atrodas komā. Pēc pieciem gadiem viņa pamostas ar metāla gabalu uz galvas un sirdī lielu atriebības vēlmi.
Ir pagājuši divi gadi, kopš klusais Pīters Pārkers pameta Mariju Džeinu Vatsonu, viņa lielo mīlestību, un nolēma turpināt uzņemties Zirnekļcilvēka pienākumus. Pēterim jārisina jauni izaicinājumi, kad viņš cīnās par savu spēku dāvanu un lāstu, līdzsvarojot viņa divas identitātes: nenotveramo supervaroni Zirnekļcilvēku un koledžas studentu. Attiecības ar cilvēkiem, kurus viņš visvairāk lolo, tagad ir pakļautas briesmām, ka varētu parādīties spēcīgs nelietīgs nelietis Astoņkājis, "Doc Ock. Viņas pievilcība MJ kļūst arvien spēcīgāka, kad viņa cīnās ar vēlmi pamest slepeno dzīvi un paziņot par savu mīlestību. Tikmēr MJ ir turpinājusi savu dzīvi. Viņa ir sākusi savu aktiera karjeru, un viņai ir jauns vīrietis Viņas dzīvi Pītera attiecības ar labāko draugu Hariju Osbornu sagrāva Harija aizvien pieaugošā vendeta pret Zirnekļcilvēku, kuru viņš ir atbildīgs par sava tēva nāvi.
Cīņā starp Misteru Krabi un Planktonu pazūd slepenā recepte, un viss sāk ritēt pazudinošas apokalipses virzienā. Visi tic, ka tieši Sūklis Bobs un Planktons ir nozaguši šo formulu. Sūklis Bobs un viņa līdzšinējais ienaidnieks Planktons apvieno spēkus, lai radītu laika mašīnu un dotos uz pagātni, kad slepenā recepte vēl nebija nozagta.