Alors qu'il rebâtit une société dans un univers parallèle, un super-héros doit retourner sur Terre pour aider un allié à protéger la planète contre une attaque maléfique.
47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...
La chasseuse des ténèbres Biku est de retour dans un film où elle va rencontrer Daichi, un garçon qui veut aussi faire parti de ce groupe de l'ombre. Ensemble, ils affronteront un traître qui possède un pouvoir particulier...
Le film présente une bataille entre les Kamen Riders de la période Shōwa de l'histoire japonaise avec les Kamen Riders de la période Heisei , orchestrée par le maléfique Kamen Rider Fifteen de l' Empire Badan qui a les pouvoirs des 15 Heisei Kamen Riders à sa disposition. [4] Certains guerriers de la série Super Sentai entrent également dans la mêlée dans la scène culminante du film.
Takatora Kureshima visite un ancien site de projet expérimental de la société Yggdrasill situé dans une république frappée par la pauvreté et les conflits. Il visite le site pour la première fois en 8 ans et est subitement attaqué ! Il est dans l'endroit le plus dangereux de la république, dans lequel de nombreux jeunes hommes sont tués pour se défendre en essayant de survivre...