V prvem filmu smo spoznali nesrečnega znanstvenika Setha Brundlea, ki se je zaradi ponesrečenega eksperimenta, pri katerem so se zamešale njegove molekule z molekulami navadne muhe, spremenil v grotesknega mutanta. Usodne napake ga je rešil strel ljubimke Veronice, ki je kasneje v strahu ugotovila, da je noseča. Njun sin Martin zdaj odrašča na kliniki zlobnega industrialista Antona Bartoka, kjer na njem izvajajo najrazličnejše poskuse. Ko Martin spozna privlačno Beth Logan, se vanjo na mah zaljubi. Njegovi hormoni se prebudijo in preobrazba v muho je neizbežna.
Mogočno indijansko pokopališče z močjo obuditve mrtvih se vrača in močno vpliva na življenje novih krajanov.