Sono passati due anni dalla fine della prima serie TV, ed Edward si trova ora in un mondo simile al nostro, precisamente nella Germania del 1923, e sta cercando in tutti i modi di tornare ad Amestris. Nel tentativo di tornare a casa, tuttavia, Ed ha attirato l'attenzione della Società di Thule, intenzionata ad aprire un portale per la leggendaria Shamballa, che cercherà in tutti i modi di impossessarsi dei risultati delle sue ricerche.

Ruka è una studentessa che vive con la madre. Appassionata di pallamano, viene esclusa dalla squadra il primo giorno di vacanza. Furiosa, decide di andare a fare visita al padre nell'acquario in cui lavora. Qui, ha modo di conoscere Umi, che sembra avere il dono di poter comunicare con gli animali marini. Ruka ne rimane affascinata. Una sera, però, cominciano a verificarsi eventi soprannaturali.

La "Scuola dei Corvi" è il liceo più violento del paese. Bande di studenti combattono tra loro per conquistare l'intero istituto, un risultato che mai nessuno è riuscito ad ottenere. appena arrivato, Genji Takiya, figlio di un boss della Yakuza, inizia ad arruolare membri al suo esercito personale, fino ad arrivare allo scontro con il leader del liceo Tamao Serizawa.

In seguito a una guerra che ha sterminato metà della popolazione del pianeta, la città di Olympus resiste come un faro di speranza in un mondo di caos. Deunan e il suo amato Briareos, un soldato cyborg, sono membri di una forza speciale di eccellenza al servizio di Olympus. La fedeltà dei due combattenti verrà messa alla prova dall'arrivo di un nuovo elemento nei ranghi, un Bioroid sperimentale di nome Tereus. Intanto, la stessa Olympus si trova attaccata a sorpresa da una misteriosa combriccola di scienziati.

Nel 2056 un'epidemia che colpisce gli organi sta uccidendo decine di milioni di persone, mettendo a rischio la sopravvivenza del genere umano. Mentre il panico dilaga e gli scienziati organizzano una massiva raccolta di organi per far fronte all'emergenza, una multimiliardaria azienda biotecnologica, la GeneCo, offre trapianti anche a chi non è abbastanza ricco da assicurarsi nuovi organi, attraverso il pagamento rateizzato degli stessi. Tuttavia, una clausola speciale di "ripossessione" incombe sui contraenti: a chi non riuscirà a far fronte alle rate, i repo men, assassini professionisti al soldo della GeneCo, riprenderanno con ogni mezzo gli organi trapiantati.

Un gruppo di adolescenti è tormentato e decimato dal misterioso Freddy Krueger, un killer terribilmente sfigurato che appare e gli dà la caccia nei loro sogni. Addormentarsi può essere fatale e l'unica via di fuga è restare svegli.

Una giovane donna comincia a preoccuparsi per il suo ragazzo quando lo vede interessarsi ad un'oscura credenza intorno ad una misteriosa videocassetta che si dice uccida dopo sette giorni chi la guarda. Si sacrifica per salvare il suo ragazzo e nel farlo scopre qualcosa di orribile: c'è un "film dentro il film" che nessuno ha mai visto prima…