剧情承接TV动画版第24集，《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に）（英语：NEON GENESSI EVANGELION:：END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）是《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于1997年7月19日在日本上映。包括了重新制作的第25、第26话。在这部剧场版中第25话的名字是“AIR”（天空），而副标题是“LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第26话的名字是“YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL：I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个“EYE - CATCH”镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。 影片分成“Air”与“真心为你”两个部分。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

吸血鬼猎人D是吸血鬼王和人类女子生的后代，他身手敏捷，是响当当的吸血鬼猎人。这次，埃尔邦家族的千金夏洛特被吸血鬼掳了去，庄园主请来了D和吸血鬼猎人马克思兄妹前往营救。途中，D和马克思兄妹因为争夺酬金而互相较量，弄得不欢而散。随后，D受到了贵族三杰的袭击，紧要关头D突然发病，危在旦夕之际马克思兄妹中的蕾拉救了D，他们相互约定日后谁先死对方就要前往其墓前献花。其后，他们查明了夏洛特并不是被吸血鬼掳走了，而是恋上了吸血鬼马埃尔，两人一起私奔，正前往吸血鬼伯爵夫人卡米拉的城堡搭乘卡米拉的飞船前往世外桃源“夜之都”开始他们的新生活。然而卡米拉只是将他们骗去，她的真正目的是吸干夏洛特的鲜血让自己复活。D及时赶到，和卡米拉展开了一场生死大战。

因为大地震而一夜化为废墟的首尔，一切都崩塌了，就只有一处「皇宫公寓」仍屹立不摇，听到传闻的外部幸存者们纷纷涌入皇宫公寓。为了生存而成为一体的他们，以新住民代表煐卓（李炳宪 饰）为中心，彻底阻止外部人士的进出，为了公寓住户订定了新的规则。幸亏如此，和外面如地狱般的世界不同，对住户们而言没有比皇宫公寓更安全平和的乌托邦了。然而在无尽的生存危机中，他们之间也开始出现了出乎意料的纠葛…… 幸存者们的生存规则 —— 究竟该遵守还是离开呢？

在未来的某一天，一对男女Retro（山口胜平 配音）和Pandy（本田贵子 配音）在一片荒野中醒来，却发现自己不但赤身裸体而且丧失了记忆。二人来到了东京闹市中肆意抢劫衣服和食物，经过一番大战后，两人被捕，并被投放到月球上的监狱“Dead Leaves”。 经过一段短暂的禁闭生活后，他们发现这座监狱是一所克隆工厂。两个看守员随意杀害克隆人，于是Retro和Pandy萌生了越狱的念头。Retro和Pandy轻而易举地解开了身上的锁，更不可思议的是，他们居然对这座监狱了如指掌。他们的真实身份究竟是什么？

一场车祸夺走了岩本聪母亲的生命，岩本聪（本乡奏多 饰）也因此致残，活在自闭的小世界里，连上学都成为了负担。父亲痛爱儿子，研制出机械人H603给他作伴。岩本聪干脆远程遥控这个机械人，让他替代自己上学。 H603来到学校，对周围的事物感到好奇，同学们都叫他“丝柏人”。岩本聪用电脑技术，配合在丝柏人身上应付各种现实生活中的际遇。 丝柏人认识了纯（多部未华子 饰）——一个霸道帅气的女生，岩本聪通过丝柏人同纯开始了默契的交流。 但是，一个可怕的流言摧毁了岩本聪、丝柏人和纯之间的关系。丝柏人能否脱离险境，岩本聪能否获得心灵的救赎，走出心理阴影，事情充满变数……

　　20世纪末，机器人技术得到飞速发展，通用人型作业机器人“LABOR”在国民建设和军事等领域大显身手，特别是“巴比伦计划”更令LABOR的功用得到彰显。除此之外，LABOR被警视厅引入到犯罪防范中来，随之成立的特车二课巡逻警用机器人（Patrol-LABOR）中队一曾缔造了令人瞩目的辉煌。 　　但是进入21世纪后，经济衰退令LABOR英雄无用武之地，甚至连特车二课也进入了萧索困顿的衰退期。隶属第二小队的泉野明（真野惠里菜 饰）、塩原佑马（福士诚治 饰）、卡莎（太田莉菜 饰）等人，在队长后藤田继次（筧利夫 饰）的带领下，每天只是做些维护保养、训练打扫等无聊琐事，无可奈何陪伴着LABOR走向黄昏。 　　就在毫无征兆的日子里，最新型战斗直升机AH-88J2改“Grey Ghost”被人从自卫队盗走。该直升机配备了融入最前沿科技的光学迷彩，迷彩一旦开启便可进入隐形状态，任何防空系统便全部失去效力。Grey Ghost在喧闹繁华的东京上空长驱直入，如入无人之境。而劫持者将首都一千万平民当做人质，以摧毁彩虹桥为开端，拉开了血洗东京的恐怖行动的序幕。 　　前所未有的恐慌瞬时弥漫东京每一个角落，束手无策的警视厅只能将最后的希望寄托于第二小队的战士们……

一名叫达尔的走失男孩被小镇人们发现，由于没人认领，他被带到福利院。经过检查，医生发现他身体各项机能正常，而且智商很高，只是失去了一部分的记忆。 达尔被安排暂时居住在安迪家。安迪和妻子乔依斯一直希望能够领养一个孩子，达尔的到来令他们异常兴奋。在相处的过程中，达尔和邻居家的小男孩特塔成为了非常要好的朋友，他们一起上学、一起玩耍、一起为安迪的棒球队赢得了胜利，大家都觉得达尔是个非常聪明而且惹人喜爱的男孩。 忽然有一天，两个自称是达尔父母的人来接走了达尔，这令安迪全家和特塔非常伤心。达尔也对他们产生了深厚的感情，恋恋不舍地离开了安迪家。 事实上达尔是一个在大脑中被植入芯片的机器人，但他现在具备了一个正常孩子的一切生理机能。来接他的也并非他的父母，而是制造他的博士。博士被达尔和安迪他们的深厚情感所感动，他希望达尔能像正常孩子一样生活，但国家的高级官员却要求摧毁达尔。博士在同事的配合下，将达尔带出试验基地，遭到警察的追击，途中博士为了掩护达尔中弹身亡。 达尔潜入空军基地，开着战斗机向安迪家的方向飞去。空军基地地面遥控飞机在飞行过程中自动摧毁，达尔弹出飞机，降落在安迪家旁边的湖中。达尔终于回到了属于他的“家”中。

两个姐姐，80年代初的高中高年级学生，一天早晨醒来，看到血红的天空，意识到人类已经被消灭。当地球最近通过哈雷彗星的尾部时，任何一个没有被钢铁包围的人，都会被还原成一堆红色的灰烬（人类化学组成的微量元素），他们会遇到一个叛逆的美洲土著人，并在当地的一家电台接收电波，试图寻求帮助。不幸的是，它们吸引了一群科学家的注意，他们知道彗星会产生什么样的影响。他们躲在一个钢铁实验室的地下，但愚蠢地把通风口开着。现在，当彗星的幸存者们被钢铁包围的一部分腐烂成肉欲旺盛的僵尸时，科学家们正试图用没有被彗星感染的人的血液制成疫苗。因此，这三人必须奋力前行，不仅要越过成群结队的食人族死者，而且要胜过一群不顾一切不想变成那样的科学家。

人类由于核战争已经湮灭，灰烬上兴起的种族：精灵族，仙女族，矮人族和突变种继续在地球上繁衍生息。仙女族女王生下双胞胎儿子，都是强大的巫师。 Avatar是一个善良的小精灵而Blackwolf是一个邪恶的突变种。

十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。 　　一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目

数十年后的将来，一位来自“绿洲”的年轻王子踏上一段冒险旅程，穿越“荒原”为濒死的母亲寻找解药。在途中他遇见了Ash——最后一个有知觉的、毁灭人类的机器人。