Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.

Bond (Pierce Brosnan), relvastatud tapmisloaga, sõidab Venemaale, et üles otsida "Kuldsilm", võimsa kosmoserelva käivitaja, mis suudab maa suunas lasta hirmuäratava elektromagneetilise kiire, mis hävitab kõik, mis teele ette jääb. Tema vastaseks on Alec Trevelyan (Sean Bean) ehk agent 006, kes on motiveeritud aastatepikkusest vihast 007'e vastu. Lisaks oma kunagisele liitlasele astub Bondi vastu ka Xenia Onatopp (Famke Janssen), Trevelyan'i ustav liitlane, kelle relvaks on nauding.

Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.