Godina je 2029. i nakon III. i IV. svjetskog rata Azijski blok dominira svijetom. Taj savez azijskih država, predvođenih Japanom, održava svoju moć zahvaljujući elitnim kibernetičkim agentima koji mogu "downloadati" svoju svijest u druge mašine. Motoko Kusanagai jedna od tih specijalnih agenta i pred njom je najvažnija misija njene karijere.
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja. Zionom, posljednjim uporištem ljudskog otpora strojevima smještenom duboko pod površinom Zemlje, vlada vijeće kancelara među kojima u Nea najviše vjeruje iskusni Hamann. Prilikom još jednog razgovora s Oracle, tijekom kojeg posumnja da je i ona dio Matrice, Neo dozna da što prije mora pronaći Ključara, čovjeka uz čiju pomoć bi mogao doprijeti do samog Arhitekta, stvoritelja Matrice. No da bi pronašao Ključara, Neo se mora susresti s podlim Merovingianom, šefom podzemlja i ljubavnikom lijepe Persephone...
Kada snažni satelitski sustav padne u ruke Aleca Trevelyana, znanog kao Agent 006, bivšeg saveznika koji je postao neprijatelj, samo James Bond može spasiti svijet od strahovitog svemirskog oružja koje bi - u jednom kratkom impulsu - moglo uništiti Zemlju! Dok se Bond obračunava sa svojim bivšim kolegom, on se također bori protiv zapanjujuće Trevelyanove saveznice, Xenije Onatopp, atentatorice koja koristi užitak kao svoje najjače oružje.
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra, otac djevojčice Sati, i zagonetni Skretničar, Morpheus, Trinity i Dječak suprotstavljaju se zlom Merovingianu. Kad se vrati među žive, Neo shvati da se mora vratiti izvoru i spoznati sama sebe, jer agent Smith svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji. O ishodu njihova sukoba ovisi budućnost čovječanstva i pobjeda nad Matricom. U međuvremenu, strojevi se približavaju Zionu, a u obrani kolonije sudjeluje i odvažna Zee, supruga Neova suborca Linka. Istodobno, izdajnik Bane ubojstvom liječnice pokaže svoje pravo lice...
Candyman se vratio kako bi uvjerio jednu umjetnicu - svog potomka, da mu se pridruži kao legendarna ličnost. Zbog toga je umiješa u niz groznih ubojstava njezinih prijatelja i suradnika, tako da se nema kome obratiti.