때는 서기 2029년, 아시아의 뉴포트라는 도시. 인간의 뇌도 통신 네트워크의 일부가 된 사회에서 가장 극악한 범죄는 고스트 해킹이다. 인간의 정체성을 규명하는 광의의 영혼을 뜻하는 고스트를 해킹해 타인의 기억 등을 조작하고 변경시키는 것. 인형사라 불리는 정체불명의 악명 높은 고스트 해커가 유럽에서 뉴포트로 주활동 무대를 옮겼다는 소식이 들린다. 이를 막기 위해 외교상 일어나는 국제범죄, 테러 등에 대해 정보수집과 감사를 행하는 정보기관 공안 6과와 쿠사나기 모토코 소령을 중심으로 한 공안 9과는 조사에 나선다

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

골든 아이라는 비밀 신무기가 냉전시대 때 미국과 소련에 의해 개발된다. 이 신병기의 목적은 대기권 밖에서 핵무기를 폭발시켜 전자 회로를 가진 적의 모든 장비를 마비시키는 것. 그런데 이 골든 아이가 도난당하는 사고가 발생하자 영국 최고의 첩보원 007은 러시아로 향한다. 골든 아이를 훔쳐간 무리의 두목은 007의 과거 파트너였던 006. 그는 공산주의와 싸우기 한 집단, 코자크에 소속되어 있던 자신의 부모가 죽은 이유가 1945년 2차대전 후 영국의 배신 때문이라고 생각한다. 006은 부모의 복수를 위해 러시아 군부 장성과 함께 음모를 꾸미는데...

진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

고립된 대지 위에 선 외딴집. 메리가 친구 알렉스의 집을 방문한다. 도착 첫날 밤, 피에 굶주려 거리를 배회하던 의문의 남자가 집에 찾아오고 알렉스의 가족은 모두 살해된다. 알렉스를 데리고 어디론가 떠나는 살인마. 메리는 알렉스를 구하기 위해 그를 뒤따른다. 처절한 싸움 끝에 그를 죽이고, 알렉스를 구한 메리. 하지만, 알렉스는 미친 듯이 칼을 휘두르며 그녀를 거부한다. "저리가, 니가 우리 가족을 죽였어!" 도대체, 누가 살인자인가? 두 소녀와 한 남자, 세 사람의 1:1 지능살인, 그 비밀은 무엇일까?

올해로 18세가 된 데이드 머피는 컴퓨터 천재. 11살때 이미 월스트리트를 포함, 전세계 1507대의 컴퓨터를 바이러스에 감염시켜 세계 경제를 혼란에 빠뜨린 전과도 있다. 법원에서는 데이드가 18세가 될 때까지 모든 종류의 키보드 근처에는 얼씬도 못하도록 명령했고, 그동안 그는 컴퓨터에 굶주려 왔다. 이제 18세가 된 데이드는 뉴욕의 새학교로 전학와 병아리 해커들인 새 친구들과 어울리게 된다. 어느날 장난끼 많은 친구 죠이가 한 유조선 회사의 컴퓨터에 침입했다가 친구들에게 자랑할 셈으로 쓰레기 화일을 복제한다. 그러나 죠이는 복제 도중 추적당하고, 경찰에 체포된다. 처음엔 별것 아니라 생각했던 친구들도 쓰레기 화일과 관련된 사람이 모두 지나칠 정도의 공격을 받자 그 비밀을 캐기위해 달려든다. 쓰레기 화일의 주인은 컴퓨터 천재, ID명 플라그. 화일의 비밀을 감추기 위해 플라그는 데이드의 어머니를 담보로 병아리 해커들을 위협하는데...

학위를 따기 위해 인간행동을 연구 중인 '엘리자베스'. 영상채팅을 통해 랜덤으로 만난 사람들과 대화를 나누며 연구를 진행하던 그녀는 어느 날 우연히 만난 한 여자의 살해 장면을 목격하고 신고하지만, 경찰에서는 단순한 장난으로 여기며 사건을 무시한다. 그날 이후, 컴퓨터를 해킹당해 연구 기록이 삭제되거나 연인이 실종되고 친구가 자살하는 등 이상한 사건들을 겪게 되는 '엘리자베스'. 혼란에 빠진 그녀는 누군가 자신의 목숨을 노리고 있다는 것을 알게 되는데...

안젤라 베네트 는 미모의 컴퓨터 프로그래머. 새로나온 소프트웨어의 바이러스나 에러를 분석하는 일이 전문이다. 취미는 인터넷의 컴퓨터광들과 채팅하는 것이 전부. 컴퓨터와 붙어사는 그녀는 집밖으로 나올 일이 거의 없다. 피자는 PC 네트워크로 주문하면 곧바로 배달되고 항공권도 마찬가지다. 그녀가 외출하는 이유는 단 하나, 요양원에 있는 어머니 를 만나러 갈 때이다. 안정된 일상만이 존재했던 안젤라에게 어느날, 동료 데일 이 새 인터넷 프로그램에 문제가 있는 것 같다며 분석을 의뢰한다. 겉으로는 평범한 음악용 소프트웨어에 불과한 '모짜르트 밴드'. 그러나 이 프로그램에는 연방정부의 극비 데이터베이스 시스템이 고스란히 담겨져 있다. 놀란 안젤라가 데일에게 도움을 요청하지만, 데일은 안젤라에게 오던 중 의문의 비행기 사고로 죽는다. 데일의 죽음에 충격을 받은 채 안젤라는 멕시코로 휴가를 떠난다. 이때 안젤라에게 잭 데블린 이라는 매력적인 남자가 접근하고, 휴가 기분에 취한 안젤라는 잭과 하룻밤을 보낸다. 그러나 안젤라는 잭에게서 수상한 점을 발견하고, 격투 끝에 구사일생으로 달아난다. 하지만 때는 이미 늦어 안젤라의 존재는 컴퓨터 네트워크 상에서 완전히 '지워진' 상태였다. 여권도, 신용카드도 모두 도둑 맞은 안젤라에게 남아있는 것은 오직 파손된 디스켓 한장 뿐. 안젤라는 주변 사람들에게 도움을 청하지만, 모두 의문의 사고로 사망한다. 컴퓨터 마피아 프레토리안의 검은 그림자는 시시각각 다가오고, 그들의 검은 손은 드디어 안젤라의 어머니가 있는 요양원에 까지 뻗치는데.

멀리 떠나는 애인 카밀라를 위해 송별기념으로 친구 미아와 그녀의 남동생 예르겐과 함께 여행을 가는 연인 로저..여행 도중 사람 사냥꾼인 남자 3명이 차를 급습하는데..

캐롤라인(Caroline McKeever: 도나 델리코 분)은 자신의 고조부인 대니얼에 관한 끔찍한 전설을 알고 있다. 대니얼은 노예 출신으로 백인 여성과 사랑에 빠지지만 곧 그 사실이 밝혀져 오른손이 잘리고 온 몸에 꿀이 발려진 채 벌떼들의 습격으로 죽는다. 그 후, 그는 다시 부활하게 되는데 거울에 대고 캔디맨(Candyman: 토니 토드 분)을 다섯 번 부르면 손에 피 묻은 갈고리를 하고 나타나 자신을 부른 사람의 목숨을 빼앗는다는 것이다. 많은 사람들이 이 전설에 호기심을 갖고 캔디맨을 다섯 번 부르는 순간 이름을 부른 사람들은 잔인하게 죽어 간다. 이렇게 캐롤라인의 주변 인물들이 계속해서 죽어가자 캔디맨의 존재를 의심하던 그녀도 차츰 공포에 떨게 되고 환상에 쫓기며 괴로워 한다. 매듀 형사(Det. Jamal Matthews: 어니 허드슨 쥬니어 분)와 골드 형사(Det. Jamie Gold: 엘리자베스 거버 분)는 그녀를 도와 캔디맨의 실체를 알아내기 위해 노력하지만 크래프트(Det. Samuel Kraft: 웨이드 윌리암스 분)라는 자와 부딪히면서 수사에 방해를 받는다. 한편, 캐롤라인은 캔디맨의 전시회를 통해 알게 된 데이빗의 도움으로 영혼치료사를 만나게 되고 악의 분신을 찾아 없애야만 캔디맨이 사라진다는 말을 전해듣는데. 캐롤라인은 가장 친한 친구인 타마라까지 캔디맨에 의해 숨지게 되자 경찰에 끌려가 조사를 받게 되고 경찰서로 향하던 캐롤라인 앞에 또 다시 캔디맨이 나타나 그녀를 위협하는데.