Bob Harrris ( Bill Muray) je filmová hviezda, prichádzajúci do Tokia natočiť reklamu na whisky. Charlotte ( Scarlett Johansson) je mladá žena, ktorá je v Tokiu spolu so zaneprázdneným manželom, ktorý pracuje ako fotograf. Osudy Boba a Charlotte sa jednej noci pretnú v jednom z luxusných hotelových barov. Práve tu sa začína utvárať zvláštne priateľstvo. Behom pár dní poznávajú Tokio i samých seba.
Sú najlepšie stráženým tajomstvom vo vesmíre. Agenti K a J pracujú pre neoficiálnu vládnu agentúru s názvom Muži v čiernom, ktorá zodpovedá za imigráciu a vôbec všetko, čo súvisí s aktivitou mimozemšťanov na Zemi. Sú našou najlepšou, poslednou a jedinou záštitou, keď sa blízke stretnutia stanú nepríjemnými. Pracujú v tajnosti a chodia v čiernom. Čierne obleky, čierne okuliare a dokonalý arzenál všetkého čo strieľa, vybuchuje a inak likviduje. Pred sebou majú len jedinú úlohu - zabrániť vesmírnym teroristom, aby sa zmocnili našej Zeme. Pri svojej práci stretáva dvojica sympatickú doktorku Laurel Weaverovú, ktorá sa v newyorskej pitevni v poslednom čase stretáva so záhadnými mŕtvolami.
Stanley Ipkiss je na prvý pohľad obyčajný a nezaujímavý zamestnanec banky, ktorého jedinou radosťou je čítanie komiksov a sledovanie kreslených filmov. Je smoliar, ktorý nemá šťastie ani v láske. Jeho život sa však zmení, keď vyloví z rieky starú drevenú masku. Keď si ju nasadí, získa schopnosti kresleného hrdinu a využíva animované rekvizity. Vďaka maske sa z nenápadného úradníka stáva neuveriteľne škeriace sa monštrum so zelenou tvárou a nadprirodzenými schopnosťami. Dokáže však potrestať zlú chyžnú, preľstiť partiu násilníkov a vytrestať podvodníkov v autoopravovni. Pred policajným poručíkom Mitchom Kellawayom predstiera, že o nočných udalostiach nič nevie. Napokon sám si nie je istý, či sa mu to všetko len nezdalo.
Bruce Nolan je reportér spravodajskej relácie Eyewitness News lokálnej televízie z Buffala, ktorý je známy vďaka svojim humorným príbehom. Jeho reportáže robia radosť všetkým okrem neho – oveľa radšej by vystriedal moderátora, ktorý onedlho odchádza do dôchodku, alebo by sa radšej zaoberal dôležitými správami z celého sveta. Bruce je nespokojný takmer so všetkým, čo sa v jeho živote deje, a málokedy si nechá ujsť príležitosť posťažovať sa na svoj život. Jeho priateľka Grace, ktorá prevádzkuje opatrovateľské stredisko, je so svojim životom spokojná a svojho priateľa miluje aj napriek jeho negativistickému prístupu. Zatiaľ čo on sníva o tom, že sa jedného dňa stane spravodajskou legendou, ona je rada, že môže pomáhať ľuďom...
Sú to štyri roky, čo tajní vládni agenti K a J odvrátili hrozbu intergalaktickej katastrofy obrovských rozmerov. K sa medzitým vrátil do bežného života a J i naďalej pracuje pre MVČ - bohato dotovanú, avšak neoficiálnu vládnu agentúru, ktorá reguluje mimozemský život na našej planéte. V priebehu vyšetrovania zdanlivo rutinnej záležitosti J odhalí diabolský plán, zosnovaný nepriateľskou kylothianskou stvorou Serleenou, ktorá sa maskuje vizážou zvodnej modelky. Keď Serleena vezme ako rukojemníkov celú budovu MIB, zostáva iba jediná osoba, na ktorú sa môže J obrátiť - jeho bývalý partner. Nastáva boj s časom a počas neho musí J presvedčiť K, ktorý stratil všetky spomienky na svoju kariéru pri MIB a zároveň je jediným žijúcim človekom s vedomosťami potrebnými na záchranu galaxie, aby sa opäť pridal k MVČ. Inak sa Zem stane obeťou totálnej deštrukcie.