Ο ουρανός γίνεται κόκκινος, το έδαφος τρέμει και η Ιαπωνία στέκει στο χείλος της καταστροφής. Όμως, η αποφασισμένη έφηβη Suzume αναλαμβάνει την αποστολή να σώσει τη χώρα της. Με την ικανότητα να βλέπει υπερφυσικές δυνάμεις, αόρατες στα μάτια των υπολοίπων, είναι στο χέρι της να κλείσει τις μυστηριώδεις πόρτες που εξαπολύουν το χάος παντού. Την περιμένει ένα επικίνδυνο ταξίδι καθώς φέρει το βάρος της χώρας στους ώμους της.

Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.

Ένας εξυπνάκιας μαθητής λυκείου είναι αποφασισμένος να κάνει κοπάνα από το σχολείο. Μαζί με ένα φίλο του λοιπόν δανείζεται τη Φεράρι του πατέρα του και σχεδιάζουν πως θα πάρουν μαζί τους κι ακόμα έναν συμμαθητή τους.

Στο Μπρούκλιν της δεκαετίας του '80, δύο αδέλφια βλέπουν την καθημερινότητά τους να αλλάζει οριστικά όταν η επαγγελματική αντιζηλία οδηγεί τους γονείς τους στο διαζύγιο.

Στο μακρινό μέλλον, μέσα σε μια αχανή, αυτοαντιγραφόμενη πόλη που έχει την τάση να εξαλείφει όλη τη ζωή, ο μυστηριώδης οδοιπόρος Κίλυ εμφανίζεται για να αναζητήσει γενετικούς δείκτες σε μια προσπάθεια να σταματήσει την ατέρμονη κατασκευή της πόλης και να σώσει την ανθρωπότητα.