Poco prima che nella Città Accademia venga completato l’ascensore spaziale “Endimione”, Touma fa la conoscenza di una ragazza di Livello 0 (senza poteri speciali) di nome Arisa. Contemporaneamente però una squadra di maghi si infiltra nella città, contrastata da un team interno della Città. La giovane Arisa però potrebbe essere la chiave per scongiurare una possibile guerra tra il mondo della magia e quello della scienza.

Ispirato al manga del maestro Osamu Tezuka, "Metropolis" racconta una storia ambientata in una gigantesca città futuristica, abitata da classi differenti, di uomini e di robot.

Sei mesi dopo gli eventi di Magical Girl Lyrical Nanoha: The Movie 1st, Fate è tornata a Uminari City con Lindy come sua tutrice legale e sta vivendo la vita di una normale studentessa elementare insieme a Nanoha e ai suoi amici. La riunione tra i due ritrovati amici è interrotta, tuttavia, quando vengono assaliti da quattro antichi utenti magici che si identificano come i Wolkenritter. Mentre i motivi dietro le azioni dei Wolkenritter diventano chiari, Nanoha e Fate si trovano in una corsa contro il tempo per fermare la riattivazione di un artefatto altamente pericoloso noto come il Libro delle Tenebre.

Sulla Terra, Haruo e i suoi amici prendono contatto con la tribù indigena degli Houtua. Per battere Godzilla, devono raggiungere il vecchio laboratorio dei Mechagodzilla.

Cooler è stato sconfitto da Goku dopo che quest'ultimo lo scagliò contro il Sole uccidendolo. Tuttavia, parte della sua materia cerebrale rimase a galla nello spazio e venne casualmente in contatto con Big Gete Star, un enorme pianeta meccanico generato da rifiuti spaziali e completamente autonomo. Big Gete Star ricostruisce così l'entità di Cooler che, una volta preso il totale controllo del computer principale, si dirige verso il pianeta di Neo Namecc attaccandolo e cominciando ad assorbirne l'energia vitale.