Kevad 1936. USA valitsus palkab legendaarse seikleja Henry "Indiana" Jonesi leidmaks Püha laegast. Egiptuses asuvas laekas usutakse olevat algsed kümme käsku. Seda laegast tahavad aga ka maailmas võimu võtvad natsid, kes loodavad laekas peituva abil alistada iga vastase... Samas ei tea nad laeka tõelisi võimeid.

Püha graali, nõud, millest Jeesus jõi viimase õhtusöömaajal, ihkavad enda kätte saada nii USA valitsus kui ka natsid. Ameeriklased pöörduvad selleks taas Indiana Jonesi poole. Indiana teab, et tema isa Henry on aastaid seda otsinud ning tema päevikus on olemas ka vihjed selle leidmiseks. Kuid põhjus, miks valitsus just noorema Jonesi poole pöördus on lihtne - natsid röövisid ta isa.

Aastal 2035 mõistis James Cole süüdimatult vabatahtlikult tagasi vabatahtlikud, kes saadeti tagasi, et avastada surmav viirus, mis hävitas peaaegu kogu maakera elanikkonna ja sundis ellujäänud maa-alustesse kogukondadesse. Kuid kui Cole saadetakse ekslikult 1996. aasta asemel 1990. aastasse, arreteeritakse ta ja ta lukustatakse vaimuhaiglasse. Seal kohtub ta psühhiaatri dr Kathryn Railly ja kuulsa viiruseeksperdi poja Jeffrey Goinesega, kellel võib olla salapärase petturirühma - 12 ahvi armee - võti, kes vastutab tapjahaiguse vallandamise eest.

Indiana Jones on Hong Kongis sõlmimas vahetust kohalike gangsteritega. Kuid neil pole kavatsust Indianat sealt elusalt minema lasta. Lennukiga põgenedes on ta sunnitud lennukist koos kaaslastega lahkuma. Maandudes väiksesse külla, näitab sealne hõimupealik enda rikutud küla. Pealiku väitel on neilt varastatud võlukivid, millega läksid kaasa ka külaelanike lapsed. Juhuslikult avastab Indiana küla all oleva koopa, mis viib läbi keerdkäikude vanasse kaevandusse.