En 1960-talls hipster-hemmelig agent er brakt ut av nedfrysning for å bekjempe sin største fiende på 1990-tallet, hvor hans sosiale holdninger er tydelig malplassert.
Verdens mest shagadelske spion fortsetter sin kamp mot Dr. Evil. Denne gangen slår den djevelske legen og hans klone, Mini-Me, seg sammen med en ny fiende - '70s kingpin, Goldmember. Mens han forfølger laget av skurker for å stoppe dem fra verdensdominans, får Austin hjelp fra sin far og en gammel kjæreste.