Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada smatra teroristom. Morpheus pokaže Neu pravi svijet, pustoš u kojem je većina ljudi zarobljena od strane strojeva koji žive od ljudske tjelesne topline i energije, a njihove mozgove zarobljuju u umjetnoj stvarnosti nazvanoj „The Matrix“. Kao pobunjenik protiv strojeva, Neo se mora vratiti u Matrix i suočiti sa agentima – super-moćnim kompjutorskim programima kojima je jedina misija riješiti se ljuskih pobunjenika.
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja. Zionom, posljednjim uporištem ljudskog otpora strojevima smještenom duboko pod površinom Zemlje, vlada vijeće kancelara među kojima u Nea najviše vjeruje iskusni Hamann. Prilikom još jednog razgovora s Oracle, tijekom kojeg posumnja da je i ona dio Matrice, Neo dozna da što prije mora pronaći Ključara, čovjeka uz čiju pomoć bi mogao doprijeti do samog Arhitekta, stvoritelja Matrice. No da bi pronašao Ključara, Neo se mora susresti s podlim Merovingianom, šefom podzemlja i ljubavnikom lijepe Persephone...
Allegra Geller, vodeća svjetska dizajnerica virtualnih igrica testira svoju novu igricu virtualne stvarnosti: eXistenZ sa svojom odabranom ciljnom grupom korisnika. Ubrzo je napada fanatični ubojica i ona mora pobjeći sa pripravnikom iz marketinga koji postaje njezin telohranitelj. Stvarnost i virtualni svijet iz igrice počnu se miješati.
Mladi, imućni i arogantni David može imati sve što poželi, ali osjeća se nepotpunim sve dok ne upozna ženu svojih snova. Vjeruje da je pronašao svoj "djelić koji nedostaje", ali nova veza ima razorne posljedice.
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra, otac djevojčice Sati, i zagonetni Skretničar, Morpheus, Trinity i Dječak suprotstavljaju se zlom Merovingianu. Kad se vrati među žive, Neo shvati da se mora vratiti izvoru i spoznati sama sebe, jer agent Smith svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji. O ishodu njihova sukoba ovisi budućnost čovječanstva i pobjeda nad Matricom. U međuvremenu, strojevi se približavaju Zionu, a u obrani kolonije sudjeluje i odvažna Zee, supruga Neova suborca Linka. Istodobno, izdajnik Bane ubojstvom liječnice pokaže svoje pravo lice...
Haker Kevin Flynn mladi je računalni programer ENVOM korporacije. On pokušava probiti računalni sustav tvrtke kako bi došao do podataka o računalnim igrama koje su trvtku lansirale na tron industrije. Kevin zna da je njegov šef ukrao software njegovih igara no želi to i dokazati. Uz pomoć prijatelja Lore i Alana, Kevin mora smisliti kako nadvladati "Master Control Program", umjetnu inteligenciju koja čuva sve podatke. Kevin slučajno prijeđe u računalni kod gdje je prisilje sudjelovati u opasnim igrama unutarnjeg svijeta. Njegove šanse porastu kada sretne Trona - Alanovu računalnu projekciju.