인간의 기억마저 AI에 의해 입력되고 삭제되는 세상, 진짜보다 더 진짜 같은 가상 현실 매트릭스. 그 속에서 진정한 현실을 인식할 수 없게 재배되는 인간들. 그 매트릭스를 빠져 나오면서 AI에게 가장 위험한 인물이 된 모피어스는 몇 안 되는 동료들과 함께 기계와의 전쟁 전후의의 폐허를 떠돌며 인류를 구할 마지막 영웅을 찾아 헤맨다. 마침내 모피어스는 낮에는 평범한 회사원 앤더슨으로, 밤에는 해커로 활동하는 청년 네오를 그로 지목한다. 모피어스의 지시대로 그를 만나게 된 네오는 두개의 알약 중 하나를 고르는 선택을 하게 되는데...

개발한 세계 최초의 풀 다이브 전용 디바이스 ‘너브기어’. 그 혁신적인 머신은 VR세계에 무한한 가능성을 가져왔다. 그로부터 4년 후... ‘너브기어’의 후계 VR머신 ‘어뮤스피어’에 대항하는 것처럼 하나의 차세대 웨어러블 멀티 디바이스가 발매되었다. ‘어그마’. 풀 다이브 기능을 배제하는 대신, AR 기능을 최대한으로 확대한 최첨단 머신. ‘어그마’는 깨어있는 상태에서 사용할 수 있는 안전성과 편리성을 바탕으로 순식간에 유저들에게 확산되었다. 그 폭발적인 확산을 견인한 것은 ‘오디널 스케일’로 불리는 ‘어그마’ 전용 ARMMO RPG였다. 아스나와 동료들도 플레이하는 그 게임에 키리토도 참전하려 하는데...

1987년은 오락실 게임이 세련되어지고, 목숨이 하나뿐인 생명체를 존중하는 의식이 점점 사라지고 있는 시대이다. 혼돈과 범죄가 만연해 있는 이곳에서 경찰 쿵 퓨리는 악당 쿵푸 마스터를 추격하던 중 동료를 잃고 번개를 맞는다. 번개의 영향으로 쿵푸 마스터가 된 그는 악당들을 무자비하게 응징하고 다니지만, 그런 그는 경찰서의 골칫거리이다. 막무가내인 그를 제어하기 위해 상관은 트리케라캅을 파트너로 붙여주지만 쿵 퓨리는 거부한다. 두 사람이 말다툼을 벌이던 중 현대에 나타난 히틀러가 수화기를 통해 상관을 총격하는 일이 벌어진다. 쿵 퓨리는 상관의 복수를 하기 위해 시간마저 해킹하는 해커, 북유럽 신화 속 발키리와 토르, 레이저 랩터 등과 함께 나치와 맞서 싸운다.

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

'엑시스텐즈'는 인간의 신경계와 직접 연결되어 가상현실을 체험하게 만드는 게임의 일종인데, 게임을 시작하면 참가자 12명은 현실을 떠나 한 번도 경험하지 못했던 새로운 인물로 다시 태어나게 된다. 그러나 테스트를 시작하려는 순간 엘레그라는 시뮬레이션 게임으로 인간성을 잃어가는 것을 반대하는 현실주의자들에게 테러를 당해 상처를 입고 몸을 피한다. 이 때 견습사원인 테드는 우연히 그녀를 보호하게 된다. 엘레그라(제니퍼 제이슨 리)는 엑시스텐즈가 무사한 지 확인해야 하지만 테드(주드 로)는 게임 접속에 필요한 바이오포트(척추에 구멍을 뚫어 사용하는 연결장치)가 없다는 것을 발견한다. 한적한 주유소에 도착한 엘레그라와 테드는 게스의 도움으로 테드의 척추에 바이오포트를 뚫지만 게스의 목적은 엘레그라에게 걸려 있는 5백만 불의 현상금에 있다. 둘은 가까스로 위기를 모면하지만 게스가 뚫어준 바이오포트가 감염된 것을 모르고 엑시스텐즈에 접속하다 게임기까지 감염되고마는데...

뉴욕 출판사의 간부이며 부와 카리스마를 가진 바람둥이 데이빗 에임즈는 자신의 가장 절친한 친구의 애인 소피아와 사랑에 빠진다. 소피아는 데이빗이 꿈에 그리던 여자였다. 그러나 다음날... 그는 차 안에 있으며, 자신과 함께 동반자살 하려는 줄리와 다투고 있다. 줄리는 차를 몰고 나무에 정면으로 들이받는데... 데이빗은 가까스로 목숨을 건지지만 얼굴을 심하게 다치고 만다. 다행히 소피아가 자신의 사랑을 고백하며 데이빗을 보살피고, 의사의 노력으로 데이빗은 얼굴을 되찾게 되지만, 그때부터 그는 뭔가 섬뜩한 사건에 말려들게 되는데...

진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

거대한 컴퓨터 게임회사 부사장 딜리건은 천재 프로그래머 플린의 아이디어를 훔쳐 오늘날의 지위를 얻어낸 음흉한 자이나 그를 돕는 메인 컴퓨터의 고성능 기능으로 전체 군주로 군림한다. 그러나 이에 의혹을 품은 젊은 프로그래머 알렌은 정보를 얻어내기 위해 제작한 프로그램 트론을 메인 컴퓨터가 삼켜버리자 플린에게 도움을 요청한다. 그러나 정보에 접근하려던 플린마저 컴퓨터에 먹혀버리고 컴퓨터 세계로. 플린은 프로그래머들이 만든 프로그램들이 사람처럼 간주되어 죽음의 경기를 펼치고 있음을 보게된다. 플린은 이 컴퓨터 세계에서 최고의 전사로 되어있는 트론과 힘을 합쳐 딜리건의 메인 통제 컴퓨터와 전쟁을 벌인다. 치열한 컴퓨터 전쟁끝에 메인통계 컴퓨터를 부수고 딜기건의 흉악한 음모를 밝혀낸다.

가상 현실을 압축된 시간 동안 체험하는 약을 개발한 젊은 과학자. 쾌거의 기쁨도 잠시, 이 혁신적인 신약의 활용 방안을 두고 사업 파트너와 갈등에 빠진다.

연쇄살인범 칼 스타거(빈센트 도노프리오 분)는 그의 새로운 희생자인 소녀를 서서히 물이 차게 되는 자신의 비밀장소에 감금한다. 그 직후 그는 FBI 요원 피터 노박(빈스 본 분)에게 체포되는데 체포당시의 충격으로 혼수상태에 빠진다. 가까스로 얻은 약간의 단서에 따르면 40시간이 지나면 비밀장소에는 물이 가득 차게되어 유괴된 소녀는 죽게 된다. 그전에 소녀를 구해야하는 피터는 칼을 심리 치료학자 캐쓰린 디앤(제니퍼 로페즈 분)의 연구실로 데려간다. 그녀는 최근 환자의 무의식세계를 직접 경험함으로써 치료하는 새로운 의학기술을 개발한 바 있다. 캐쓰린은 피터의 제안에 따라 소녀의 소재를 알기 위하여 연쇄살인마의 머리속 무의식 세계로의 여행을 결심한다. 여행 도중, 캐쓰린이 발견하게 된 것은 지금까지 다른 누구에게서도 발견할 수 없었던 악마적 세계로서 이는 캐쓰린마저 희생물로 만들어버리려 한다.

빅터 타란스키(알 파치노)는 몇 년째 영화가 안 풀리고 있는 영화감독이다. 간만에 톱스타를 캐스팅해 재기작 한 편 찍어보려 했더니 콧대 높은 니콜라(위노나 라이더)는 감독이 마음에 안 든다고 촬영 도중 영화를 떠난다. 타란스키의 새 영화는 물거품이 될 지경에 이르고 그는 지푸라기라도 있으면 잡아볼 요량으로 새 배우를 구하러 다닌다. 그러던 그에게 지푸라기, 아니 튼튼한 뗏목 한 척이 배달된다. 타란스키의 열혈팬이었던 컴퓨터 프로그래머가 죽기 전에 혼신의 힘을 다해 만든 사이버 여배우 프로그램을 유품으로 남긴 것이다. 이름하며 시몬(Simone: Simulation One). 완벽한 외모, 완벽한 연기, 완벽한 매니지먼트로 시몬은 단숨에 할리우드 최고의 여신으로 군림하고 타란스키는 시몬의 정체가 탄로날까 전전긍긍하면서도 가짜 여배우에 대한 콤플렉스에 속병을 앓는데...

{20세기말 '가상현실(Virtual Reality)이라는 기술이 널리 이용된다. 컴퓨터 속의 사상의 세계로 들어갈 수 있는 이 기술은 새로운 마인드콘트롤(Mind Control)이 악용될 우려도 있다.} 천재 과학자 래리 엔젤로(Doctor Lawrence Angelo: 피어스 브로스난 분)는 미국 정부 비밀 기관의 재정지원을 받아 가상현실기술을 연구한다. 그가 책임진 제5프로젝트 프로그램은 동물의 공격 본능을 자극하는 약물과 가상 현실을 이용하여 새로운 전쟁 무기를 만들기 위한 것이지만, 앤젤로 박사가 원한 것은 본래 그런 연구가 아니다. 그의 본래 의도는 가상 현실을 인간에게 이로운 기술로 완성하는 것이다. 그래서 실험 대상 침팬지가 공격 본능이 발등하여 우리를 뛰쳐나와 사살되는 사고가 발생하자, 엔젤로는 기관에서의 연구를 포기하고 집으로 돌아온다. 그러나 가상 현실 기술을 완성하겠다는 생각을 버리지 못한 채 그는 죠브(Jobe Smith: 제프 파이 분)라는 정신지체 청년을 실험 도구로 사용할 생각을 한다. 실험은 가상 현실을 이용하여 그의 지능을 향상시키자 좋은 뜻으로 시작된다. 그러나 실험 대상이 된 잔디깍이 청년은 놀라운 속도로 지능이 발달하면서 이상 증세를 나타내기 시작한다. 집에서 할 수 있는 연구에 한계를 느낀 엔젤로는 죠브를 기관 연구소로 데려간다. 죠브의 놀라원 지적능력을 목격한 가관 사람들은 엔젤로 몰래 연구 프로그램 내용을 변경하여 공격성 증대가 동반되게 한다. 지능이 극도로 발달하고 공격성까지 극대화된 죠브는 평소 그를 무시했거나 못살게 군 사람들에게 복수한 뒤, 스스로 지력향상 약물을 과다투약하여 무시무시한 악의 화신으로 둔갑하는데.

미래 사회, 리텍이라는 한 회사에서 컴퓨터 가상 현실을 이용해 경관들의 현장 훈련을 안전하게 하기 위한 새로운 프로그램, 씨드 6.7(SID 6.7: 러셀 크로우 분)을 만든다. 죄수들을 대상으로 프로그램을 테스트하려하고 과거에 로스앤젤레스 경찰에서 형사로 활동 중, 사건에 연루돼 살인죄로 복역 중인 파커 반즈(Parker Barnes: 덴젤 워싱톤 분)가 대상자로 선택된다. 그와 함께 프로그램에 참가했던 다른 죄수가 게임 도중 신경이상 발생으로 그만 숨지고 만다. 부작용을 목격한 회사 책임자는 씨드 6.7을 파괴하도록 지시하나 이미 수백명의 폭력적 인성인자를 갖고 있는 씨드는 그를 프로그래밍한 대럴을 이용하여 현실 세계로 나오는데 성공하는데...

중년의 나이에 접어든 엠마뉴엘은 성문제로 고민하는 이들을 위한 상담소를 운영하여 '가상현실'이란 컴퓨터 프로그램을 개발해 낸다. 이 프로그램은 자기가 원하는 상대와 가상의 성관계를 맺음으로써 성문제의 고민을 말끔히 해결할 수 있는 프로그램이다. 그러던 어느날, 엠마뉴엘이 예전 기숙사 학교를 다닐 당시 절친한 친구였던 소피가 찾아와 고민을 호소해 온다. 소피는 막 성에 눈뜨던 사춘기 시절 엠마뉴엘로부터 프란츠라는 남학생을 소개받았는데 두려움으로 거부했던 경험이 있다. 그후 엠마뉴엘은 카를로스라는 남자를 다시 소개시켜 주는데 소피는 그에게도 알 수 없는 두려움을 느껴 거부하고 만다. 외교관 딸이었던 소피는 그 뒤 아버지를 따라 이스탄불에 갔다가 우연히 카를로스를 만난다. 그런데 불행하게도 카를로스에게 성폭행을 당해 순결을 잃게 된다. 소피는 그 일이 있은 후 가슴속에서 남자들에 대한 증오심을 갖고 독신으로 살아오고 있다. 소피에게서 그동안의 일을 모두 알게 된 엠마뉴엘은 자신이 개발한 '가상현실' 프로그램을 권하게 된다. 덕분에 환상속에서 과거 기숙사 시절의 두려움을 지우고 프란츠와 관계를 가진 소피는 자신감을 얻어 생활의 기쁨을 알게되고, 결국은 이로 인해 현실에서도 프란츠와 사랑을 하기에 이른다.

17세 소녀 저스틴(Justine: 로라 프레이저 분)은 자신이 도통 남자를 사귀는 데는 재주가 없다고 생각한다. 그의 걱정은 어떻게 아무에게나 자신을 내주냐는 것. 그러나 이젠 적극적이 되기로 결심한다. 학교에서 소문난 섹시 가이 알렉스(Alex: 키에란 오브라이언 분)를 자신의 이상형으로 정하고, 그와 어떻게든 엮어보려고 친한 친구 프렌(Fran: 마셀 듀프리 분)과 체스(Chas: 루크 드 라시 분)에게 도움을 청한다. 저스틴은 프랜, 체스와 함께 알렉스를 컴퓨터 쇼에 데려가려는 계획을 세우지만, 막판에 알렉스가 뇌쇄적인 외모를 가진 후와 데이트를 하느라 오지 않는 바람에 그만 물 건너가 버린다. 실망한 저스틴은 게임장에서 안절부절 못하고 서성이다 재밌게 생긴 게임기를 발견한다. 나르시소스라고 불리는 이 기계는 마음속으로 꿈꾸는 자신의 모습을 현실에 그대로 옮겨주는 것. 언제나 꿈꿔왔던 턱선, 오래도록 원했던 코, 이제 모두 버튼만 누르면 만사 OK! 그녀가 스크린에 나타난 이상형 남자의 마무리 버튼을 누르려고 할 찰라, 엄청난 폭발이 발생하고 나르시소스는 망가지고 만다. 무너진 벽돌들 사이에서 걸어나오는 것은 저스틴이 아니라 바로 저스틴이 만든 이상형이었는데...

치바현의 마이하마미나미 고등학교에 다니는 소고루 쿄우는 소꿉 친구인 카미나기 료코나 싸움 동료의 악우들에 둘러싸여 혼자뿐인의 수영부를 재흥하기 위해서 분투하고 있었다. 나날의 생활에 작은 불가사의가 몇개나 겹쳐 이윽고 쿄우는 세계의 비밀을 깨달아 간다. 반복되는 일상... 그것은 확실히 루프 하는 세계였다. 실험장으로 세계를 변화시키고자 하는 갈즈오름과 영원한 여름에 갇힌 인류의 싸움은 단 하나의 희망, 빛의 갑옷 제가페인과 미사키 시즈노의 미소로 크게 변화한다.

폭발사고로 중상을 입은 조브는 코리 박사의 치료를 받고 다리를 잃은 채 가상현실 속에서 위안을 찾는다. 한편, 가상현실의 최고 권위자인 트레이스 박사는 가상현실의 핵이자 가공할 위력을 지닌 카이론 칩을 만들던 도중 투자단에게 특허를 빼앗기고 초야에 묻힌다. 이 카이론 칩의 특허를 손에 넣은 사람은 조나단 워커로, 그는 코리 박사와 조브를 수하에 두고 버추얼 라이트라는 연구소를 운영하며 전 세계 모든 시스템의 통합과 장악을 꿈꾼다. 조브는 개발이 중단된 카이론 칩의 핵심인 이집트 링크의 정체를 파악하기 위해 자신이 잔디 깎이로 있던 집의 어린 아들인 피터를 찾게 되고, 피터가 은신 중인 트레이스 박사를 찾아 나서는데…