Tenk deg at virkeligheten er en drøm - denne tanken forfølger Thomas Anderson (Keanu Reeves). Thomas lever et dobbeltliv. Om dagen er han ansatt i et stort datafirma, om natten er han hackeren Neo, en langer av virtuelle fantasier. Etter en arbeidsøkt i den digitale gråsonen våkner Neo av at noen kontakter ham via dataskjermen. Like etter blir Neo arrestert. Agent Smith ser på den unge dataeksperten som en trussel, og Neo blir enda mer forvirret. Først når han treffer Morpheus (Laurence Fishburne), begynner bildet å bli skapt. Morpheus forklarer Neo hvilken rolle han må spille for å bekjempe "Matrix" - et altomfattende fenomen som angår hele verdens befolkning. Sannheten er mer utspekulert enn noen kan fatte.
Neo og lederne av den menneskelige motstanden oppdager at Sentinels holder på å grave vei mot Sion. De beregner at de kanskje bare har 72 timer til angrepet må ta plass, og Neo må derfor returnere tilbake til the Matrix og finne nøkkellageren slik at de kan få tilgang til hovedmaskinen for å sikre menneskelig overlevelse.
Den unge, kjekke, rike og vellykkede forlagsdirektøren David Aames kan få alt hjertet måtte begjære. Likevel er det noe som mangler i Davids fantastiske liv. En kveld møter David drømmekvinnen, og han tror han har funnet brikken som mangler. Men et skjebnesvangert møte med en sjalu elskerinne får Davids verdens til å riste i grunnvollene, og han kastes ut i en berg-og-dal-bane av romantikk, sex, mistenksomhet og drømmer og får en sjokkerende oppvåkning du sent vil glemme.
Neo. Trinity. Morpheus. De og andre helter står på randen til seier eller tilintetgjørelse i den episke krigen mot maskinene i det overveldende siste kapittelet av Matrix-trilogien. For Neo betyr det å reise dit intet menneske har våget seg – inn i hjertet av Machine City og inn i en verdensomveltende konfrontasjon med det mange ganger sterkere forræderprogrammet Smith.
Kevin Flynn søker etter bevis for at han oppfant en videospill hit, han blir senere "digitalisert" av en laser og finner seg inne The Grid, der programmene lider under tyranniske styre av Master Control Program. Med hjelp av TRON, et sikkerhetsprogram, søker Flynn å frigjøre The Grid fra MCP.
Den sadistiske seriemorderen Carl Stargher holder til på en forlatt gård. Der har han bygget et kammer hvor han drukner sine uskyldige ofre. Når FBI får tak i ham, befinner en kvinne seg fortsatt i cellen - og hun har bare 40 timer igjen å leve. Hun og et team av psykologer har utviklet et høyteknologisk virkemiddel som lar Cathrine komme inn i underbevisstheten til folk. Nå må hun dykke ned i den ekle underbevisstheten til Carl for å redde en ung jente.
En filmregissør som står i fare for å miste jobben når stjerneskuespilleren i hans siste film forlater settet, finner opp en virtuell skuespiller for å redde filmen. Den nye skuespilleren blir stjerne over natten. Problemet er bare at alle vil treffe henne. Men så dukker datageniet Hank Aleno opp med en programvare som digitalt kan skape "Simone" - en virtuell men helt troverdig skuespillerinne. Til forskjell fra sine levende kollegaer blir Simone aldri gammel eller fet. Hun lager ingen skandaler, blir ikke full og trenger derfor heller ikke å legges inn på avrusningsklinikker. Simone blir en sensasjon over natten, og alle tror hun er et virkelig menneske. Men mens Simones kjendisstatus når nye høyder, klarer ikke Viktor å innrømme bedrageriet overfor seg selv eller resten av verden.
Han er sammensatt av omtrent 200 personligheter, alle med trang til å drepe! Han er Sid 6.7, en bevissthet skapt i virtual reality slik at politiet har noe å øve seg på for å være best mulig rustet i kampen mot virkelige forbrytere. Men Sid er lei av leken. Han har sprengt grensene fra cyberspace og er plutselig blitt svært så virkelig! Denzel Washington er Parker Barnes, mannen som blir sendt ut for å fakke Sid. Det er ikke så lett å fakke en mesterforbryter som er ondere enn fanden selv!